Он был выходцем с греческого острова Корфу и принадлежал к аристократической семье, получил образование в итальянской Падуе, в одном из старинных европейских университетов. Его карьера началась в администрации Ионической республики — автономного греческого государства под российским протекторатом в 1800 — 1807 годах. После того как по условиям Тильзитского мира Петербург уступил Ионические острова Парижу, талантливому молодому чиновнику предложили поступить на французскую службу, но он сделал выбор в пользу России.

В январе 1809 г. Каподистрия добровольно прибыл с тёплого Корфу в промозглый Петербург, где был определён на службу в Коллегию иностранных дел.

В центре внимания статского советника Каподистрии находилось балканско-средиземноморское направление. Спустя два года он получил назначение в российское посольство в Австрии. В Вене российский грек наладил контакты с местной греческой диаспорой. Используя обширные связи греческих предпринимателей в Османской и Австрийской империях, он создал новый источник информации для российской дипломатии о положении дел на юге Европы.

В апреле 1812 г. Каподистрия был назначен главой дипломатической канцелярии русской Дунайской армии под командованием Павла Чичагова.

К заключению русско-турецкого мирного договора он не успел, но в условиях начавшейся Первой Отечественной войны на его ведомство фактически легли функции ближневосточного и балканского отделов МИДа. Кроме того, на Каподистрию как на знатока обычаев христианских народов, находившихся под властью Порты, возлагалась задача по разработке статуса вновь присоединённой к России Бессарабии.

Бухарестский мирный договор о передаче Пруто-Днестровского междуречья Турцией России был подписан в мае 1812 г., а уже в июле в Петербург был отправлен проект «Правил об образовании временного правления в Бессарабии». Документ был рассмотрен в столице в разгар Наполеоновского вторжения и получил официальное утверждение в начале 1813 г.

Проект Кападистрии впервые вводил понятие «Бессарабская область», которое опять же в первый раз распространялось на всё Пруто-Днестровье (до начала XIX в. под Бессарабией подразумевалась лишь южная часть этого региона).

В административно-территориальном плане в области распространялась молдавская система цинутов (уездов) во главе с назначаемыми из числа молдавских бояр исправниками. Главным должностным лицом в регионе становился наместник, которым первоначально являлся командующий русской армией на Дунае. Гражданскими делами управлял областной правитель — губернатор. Тем не менее, наместнику было запрещено вмешиваться в дела гражданской администрации. Он лишь контролировал, а в случае необходимости мог оказывать помощь гражданским властям.

Губернатор одновременно являлся главой Бессарабского правительства, формируемого из числа молдавских бояр и русских чиновников. Правила особо оговаривали, что молдаване должны преобладать среди советников правительственных департаментов (в соотношении 7 на 5).

Один из департаментов ведал административно-финансовыми вопросами, другой — судебно-полицейскими. Правительственные решения принимались довольно демократично: большинством голосов советников по каждому из департаментов.

Рассмотрение гражданских и уголовных дел осуществлялось на переходный период по местным законам. Административные дела полиция рассматривала в соответствии с имперским законодательством.

Делопроизводство в Бессарабском правительстве велось одновременно на русском и молдавском языках. Рассмотрение же судебных тяжб предписывалось вести на молдавском языке.

Население новой российской провинции было освобождено от всех государственных податей на три года, а от рекрутской повинности на 50 лет.

Действие Правил временного правления продолжалось пять лет, до апреля 1818 г., когда Александром I был подписан Устав образования Бессарабской области.

В политическом управлении Бессарабской областью особенно большую роль играло Министерство иностранных дел, фактическим главой которого являлся граф Каподистрия. В соответствии с инструкциями, направленными от имени военного наместника первому бессарабскому губернатору Скарлату Стурдзе, области надлежало стать примером для балканских христиан — молдаван, валахов, греков, болгар, сербов и других. Их представителям предписывалась помогать в переселении для увеличения численности бессарабских жителей.

Бессарабская витрина Российской империи должна была иметь соответствующий уровень развития торговли, правопорядка, школьного образования. На это особо обращалось внимание областного правительства.

Однако в реальности дела обстояли не так благостно.

Возмущению имперских властей не было предела, когда выявилась практика сбора цинутными исправниками податей (в условиях освобождения Петербургом от них жителей области!), которые шли целиком на их личное обогащение. Отголоском прежних османских порядков в Молдавском княжестве была продажа должностей исправников и других чиновников на местах. Их цена составляла от 20 до 390 тыс. рублей.

Недовольство Петербурга вызывало стремление бессарабских бояр-чиновников превратить «задунайских» колонистов в зависимое население. Последнее обстоятельство обусловило изъятие обустройства иностранных переселенцев из ведения автономных властей.

Тогда же (в 1816 — 1818 годах) Иоанном Кападистрией было разработано обновлённое законодательство об устройстве области, а бессарабским губернатором стал грек Калагеоргий, знавший молдавский язык. Роль наместника Бессарабии существенно возросла, при этом учреждался Верховный Совет области — высшая судебная инстанция и законодательный орган. Он состоял из председателя, четырех членов правительства и шести депутатов. Существенные права в самоуправлении области сохранялись вплоть до упразднения её автономного статуса в 1828 г., когда Бессарабия вошла в состав Новороссийского генерал-губернаторства.

Граф Каподистрия продолжил оказывать большое влияние на процессы в Бессарабии вплоть до своей фактической отставки в 1822 г. В том же году политическое управление Бессарабской областью было передано из ведения МИДа имперскому МВД.

Относительный демократизм бессарабских областных учреждений был во многом определён разработчиком автономного статуса региона. Либеральные взгляды Каподистрии были хорошо известны в правительственных и общественных кругах империи. Сам Александр I как то заявил, обращаясь к нему: «Ваши правила и чувства мне известны. Вы любите республики, я тоже их люблю».

Именно большему влиянию Каподистрии Бессарабия и всё Причерноморье обязаны длительным пребыванием здесь (в 1820 — 1824 годах) Александра Пушкина.

В 1820 г. по просьбе Николая Карамзина Каподистрия ходатайствовал перед императором о переводе молодого сотрудника МИДа и по совместительству поэта Пушкина в канцелярию главного попечителя иностранных колонистов Южной России, находившуюся в Екатеринославе. Этот шаг стал альтернативой высылке в Сибирь или заточению в Соловецкий монастырь, грозившими тогда сочинителю эпиграмм на самодержца.

Должность главного попечителя колонистов с 1818 г. как раз занимал хороший знакомый Каподистрии ещё по службе в Дунайской армии генерал Иван Инзов. В год приезда на юг Пушкина он стал наместником Бессарабской области, куратором которой был статс-секретарь императора по иностранным делам Каподистрия.

Перед отъездом Пушкина из столицы Каподистрия выхлопотал для него одну тысячу рублей на дорожные расходы. Сохранилось и весьма тёплое рекомендательное письмо Каподистрии Инзову с просьбой принять Пушкина под своё «благосклонное попечение».

Отличавшийся большой строгостью Бессарабский наместник весьма снисходительно отнёсся к юношеским увлечениям Пушкина, с его разрешения тот смог совершить весьма важное для дальнейшего творчества путешествие в Крым и на Кавказ.

Но не только Пушкину оказывал покровительство граф Каподистрия.

В 1815 г. при назначении на должность статс-секретаря с согласия императора он получил неформальный статус «поверенного в делах» греков при правительстве России. Через него проходило решение всех вопросов, касающихся греков как на Балканах, так и внутри Российской империи.

В начале XIX в. в российских пределах (преимущественно в Причерноморье) жило несколько десятков тысяч греков. Цепь греческих поселений растянулась от устья Дуная до Приазовья. Самые крупные греческие общины сложились в Мариуполе (11,5 тыс. человек), Одессе (свыше 2 тыс.), Таганроге (до 2 тыс.), Феодосии (около 1,5 тыс.).

Греки внесли существенный вклад в хозяйственное освоение Новороссии, по сути, организовав торговое судоходство по Чёрному морю в интересах Российской империи.

Ещё со времён Екатерины II посредством греческих судовладельцев бурно развивались экономические связи между Причерноморьем и островами Греческого архипелага. После окончания наполеоновских войн греческий торговый флот в основном был задействован обслуживанием хлебного экспорта из южных губерний России.

Этому не в малой мере способствовало активное распространение российского подданства среди греческих торговцев, опека над ними со стороны русских консулов на греческих островах.

Пример тому — крупнейший греческий судовладелец, Георгиос Кундуриотис, живший постоянно на Идре и являвшийся одновременно одесским купцом первой гильдии и российским подданным. При этом доподлинно неизвестно, бывал ли вообще Кундуриотис когда-либо в Одессе. В 1818 г. он даже стремился получить у Каподистрии должность российского консула на Идре.

Значительная часть торговых судов, ходивших в начале 20-х годов под русским флагом, принадлежала подобным греческо-российским соотечественникам.

Каподистрия содействовал развитию в России национального образования греков. При его помощи около 1820 г. греческое училище отрылось в Мариуполе. Оно способствовало сближению этнически обособленных мариупольских греков (выходцев из Крымского ханства) с основной частью греческого этноса.

В 1818 г. было решено создать училище для детей низших чинов греческого батальона в Балаклаве.

Самым же значительным греческим образовательным учреждением в России того времени стало Греческое коммерческое училище, открытое в сентябре 1817 г. в Одессе. Оно располагалось рядом с Ришельевским лицеем и стало важным очагом новогреческого Просвещения. Училище содержалось за счет греческих купцов, пригласивших для преподавания в нем видных греческих педагогов. В 1819 г. число учащихся достигло 350 человек, в числе которых были дети не только греческих колонистов Южной России, но и жителей самой Греции.

Эта социально-экономическая инфраструктура, развившаяся в Причерноморье при поддержке Каподистрии стала питательной почвой для распространения греческого революционно-освободительного движения.

Оно особо активизировалось в ходе греческого антиосманского восстания в 1821 г., переросшего в войну за независимость Греции (продолжалась до 1832 г.) В 1820 г. представители революционной национально-освободительной организации греков «Филики Этерия» (Дружеское общество), возникшей в Одессе, предлагали Каподистрии встать во главе революционного антиосманского движения.

Однако граф его не принял, поскольку был сторонником другого пути обретения греческой независимости: через народное просвещение и дипломатическую поддержку великих держав. Ещё в 1814 г. Каподистрия с одобрения Александра I основал в Вене национально-просветительскую организацию «Филомузос Этерия» (Друзья муз). На деньги частных жертвователей она организовывала обучение греческой молодёжи в ведущих ВУЗах Европы.

Тем не менее, по мере нарастания освободительной борьбы в Греции Каподистрия всё более активно включался в её поддержку. Разумеется, что такого рода деятельность была несовместима со статусом главного российского дипломата. Получив бессрочный отпуск «для поправления здоровья», граф обосновался в Швейцарии. Здесь, в центре Европы он погрузился в развитие международного движения в поддержку свободной Греции.

В начале 1820-х в восставшей Греции стали формироваться «самопровозглашённые» органы государственной власти. Великие европейские державы, признавая повстанцев воюющей стороной от официального признания греческих органов власти воздерживались. В этих условиях было очень важно придать дополнительную легитимность новым государственным институтам путём привлечения в них деятелей с мировым именем.

В 1827 г. третье Национальное Собрание греков, приняло Гражданскую Конституцию Эллады во главе с правителем (президентом). На эту должность был приглашён уже официально оставивший русскую службу Иоанн Каподистрия. В том же году Россией, Англией и Францией была принята конвенция, поддерживающая независимость Греции.

Коподистрия прибыл в Грецию в начале 1828 г. после турне по европейским столицам, где решал вопросы поддержки молодого государства. На исторической родине ему очень пригодился административный опыт, приобретённый ранее в России.

Каподистрия взял курс на упорядочение жизни в различных сферах жизни нового государства: ограничение власти региональных чиновников, организация регулярной армии, внедрение школьного образования, создание судебной системы, разработка национального гражданского права, наделение землёй безземельных крестьян, основание греческой финансовой системы, отмена налоговых откупов и переход к прямому сбору податей.

Вновь как когда-то в Бессарабии Каподистрии пришлось столкнуться с сопротивлением местных олигархических кругов, но на этот раз за его спиной уже не стояла сильная царская администрация.

В 1830 г. против политики первого правителя Греции поднялось восстание, поддержанное вооружённой оппозицией. 9 октября 1831 г. Каподистрия был убит вооружёнными заговорщиками. Он пыл похоронен в Нафплионе (первой столице Греческого государства), а затем был перезахоронен на родном Корфу.