В начале лета 1919 года произошел конфликт между Махно и командованием РККА. По его итогам Махно покинул армию и был объявлен вне закона. Вместе с ним ушла часть наиболее преданных соратников.
Поругавшись с самой могущественной стороной в этой войне и потеряв большое количество бойцов, оставшихся в РККА, Махно пошел на временный союз с атаманом Григорьевым.
Вопрос о том, планировал ли Махно изначально избавиться от Григорьева и фактически рейдерски захватить его армию, или же это произошло спонтанно, до сих пор остается предметом дискуссии. Вероятнее всего, что Махно с самого начала рассчитывал покончить с атаманом-конкурентом, поскольку прекрасно понимал, что вместе им не ужиться, слишком разными были их политические взгляды, и делиться властью никто из них не хотел.
В конце июля 1919 года махновцы убили Григорьева. Большая часть его армии пополнила ряды махновцев. А после того как началось наступление белых, заколебались и части РККА. Значительное число бывших махновцев оставило свою бригаду и вернулось к батьке. Теперь у него снова было кем воевать.
5 августа Махно издал приказ № 1, который провозгласил конкретную задачу:
«Задачей нашей революционной армии и каждого повстанца, в нее вступившего, является честная борьба за полное освобождение трудящихся Украины от всякого порабощения».
К старым врагам Махно, «буржуям» и «контрреволюционерам», присоединились и новые:
«Каждый революционный повстанец должен помнить, что как его личными, так и всенародными врагами являются лица богатого буржуазного класса, независимо от того, русские ли они, евреи, украинцы и т.д. Врагами трудового народа являются также те, кто охраняет буржуазный несправедливый порядок, т.е. советские комиссары, члены карательных отрядов, чрезвычайных комиссий, разъезжающие по городам и селам и истязающие трудовой народ, не желающий подчиниться их произвольной диктатуре. Представителей таких карательных отрядов, чрезвычайных комиссий и других органов народного порабощения и угнетения каждый повстанец, обязан задерживать и препровождать в штаб армии, а при сопротивлении — расстреливать на месте».
Также в приказе запрещались погромы, самочинные реквизиции и грабежи и пьянство. Революционные повстанцы призывались к дисциплине.
Так начался новый этап махновского движения.
Порвав с большевиками, Махно, однако, не считал их главными врагами, даже несмотря на то что приказ объявлял врагами трудящихся большевистских комиссаров.
В этот период Махно по-прежнему верил, что большевики — это заблуждающиеся революционеры, стоящие на правильной стороне, и всеми силами избегал вооруженных столкновений с ними. Никаких массовых расстрелов коммунистов в тот период махновцы не практиковали. Более того, на занятых махновцами территориях совершенно свободно действовали большевистские ячейки и выходили партийные издания соответствующей направленности.
Главным врагом Махно избрал Деникина.
Для противостояния с ним он даже пошел на сотрудничество с другими давними противниками — петлюровцами. Между ними был заключен союз, в рамках которого махновцы получили щедрую поддержку боеприпасами, а также возможность передавать своих раненых на излечение в петлюровские лазареты (нехватка врачей и лазаретов была старым бичом махновцев).
Окончательное организационное оформление РПАУ получила 1 сентября по итогам собрания армейских делегатов в Добровеличковке. Была определена структура армии, назначены ее руководящие органы, штаб. Курировал создание армии один из главных стратегов Махно Виктор Белаш, возглавивший штаб армии и вошедший в состав реввоенсовета.
РПАУ очень сильно напоминала по своей структуре РККА. Заметных отличий было немного, и они носили скорее политический характер. В частности, должности младших командиров были выборными (в РККА отказались от этой практики за несколько месяцев до этого), тогда как командиры полкового уровня избирались на собраниях командного состава.
Кроме того, в армии не запрещалось существование политических ячеек других социалистических партий. Что касается политических воспитателей и контрразведки, то они присутствовали в полном объеме. Осведомители находились в каждом формировании до уровня отделения.
Вопрос мобилизаций в РПАУ после дискуссий анархистов был решен относительно компромиссным способом. Мобилизация рядового состава проводилась по резолюциям, вынесенным собраниями в населенных пунктах. Это позволяло сохранять видимость добровольного комплектования.
Точная численность махновцев осенью 1919 года вряд ли когда-либо будет установлена. Даже сам Махно знал ее только приблизительно. Белаш оценивал число повстанцев более чем в 100 тысяч человек, но это, по всей видимости, существенно преувеличенные цифры. Более скромные оценки — от 10 до 35 тысяч повстанцев — вероятно, гораздо ближе к реальности.
Подавляющее число армии составляли крестьяне Екатеринославской, Таврической и Херсонской губерний. В руководящих органах присутствовали анархисты из других регионов. Но в целом движение было сугубо крестьянским. Причем среди крестьян составляла особую прослойку группа безземельных батраков, составлявших большинство. Также в значительной степени присутствовали малоземельные крестьяне и середняки. Богатых крестьян по понятным причинам в армии не было. Поэтому, кстати, абсурдны обвинения большевиков в «кулацком» характере махновского движения.
Нетривиальной задачей для Махно было снабжение армии, особенно в период роста ее численности. Продовольствие добывалось либо самоснабжением, либо захватом тыловых складов белых в ходе партизанских рейдов. Самоснабжение было вариативным. В селах махновцы зачастую просто размещались в избах и снабжались за счет населения.
Кавалерия играла огромную роль в РПАУ, поэтому они постоянно нуждались в лошадях. У беднейших слоев лошади, как правило, приобретались за валюту или по бартерному обмену. У середняков лошади и другие необходимые предметы реквизировались по определенным нормам, исходя из представлений махновцев. Наиболее богатые слои «раскулачивались» по полной программе. В городах важным источником для пополнения казны были контрибуции, которые накладывались на буржуазию.
Грабежи были постоянным бичом РПАУ. Хотя Махно регулярно взывал к революционной дисциплине и запрещал грабежи, обуздать это явление было невозможно. Во-первых, из-за того что де-факто армия находилась на самоснабжении. Во-вторых, из-за того, что некоторые крестьяне воспринимали РПАУ как легальный способ «хождения за зипунами» и, разжившись трофеями, отбывали в родные села.
Впрочем, несмотря на дезертирство и постоянно колебавшуюся численность армии, РПАУ была вполне боеспособной силой, пригодной для решения определенных задач. Она была неспособна противостоять серьезному противнику, зато была очень хороша для дерзких тыловых рейдов. В условиях, когда белые сосредоточили все силы на московском направлении и не имели резервов, махновцы чувствовали себя хозяевами положения и регулярно вторгались в тыл к Деникину.
Существует точка зрения, что именно рейд махновцев позволил сорвать наступление белых на Москву.
Это несколько преувеличенная оценка, поскольку у РККА еще оставалось значительное количество резервов, тогда как деникинцы бросили в наступление все силы, какие имелись. Махновский рейд можно охарактеризовать как один из факторов, способствовавший общей неудаче наступления белых.
Осенью 1919 года РПАУ добилась определенных успехов (битва под Перегоновкой, захват Екатеринослава, Мелитополя, Мариуполя и Александровска). Но это был недолгий триумф.
Отступление белых (и наступление красных) грозило Махно серьезными неприятностями, теперь РПАУ могла столкнуться со значительно более серьезными силами противника. Вдобавок серьезнейший ущерб повстанцам нанесла вспыхнувшая в ее рядах эпидемия тифа, после которого армия почти обезлюдела.
В январе 1920 года, всего после четырех месяцев своего существования РПАУ была распущена по решению собрания командиров в Гуляйполе. Через несколько месяцев она возродилась и позднее была признана уже как союзная большевикам сила, но прежнего могущества махновцы больше никогда не достигли.