Начало 1919 года выдалось триумфальным для большевиков. После ухода немцев из Украины, атаманы множества местных повстанческих отрядов формально присягнули Петлюре, но после начала наступления РККА переметнулись на их сторону. Именно массовая интеграция в красную армию многочисленных повстанческих отрядов и позволила большевикам уже к апрелю контролировать почти всю территорию Украины.
Однако атаманы оказались ненадежными союзниками, да и большевики не очень любили людей со стороны и относились к ним с большим недоверием. В апреле 1919 года случился кризис лояльности, целый ряд достаточно видных красных командиров из числа прежних атаманов объявил о разрыве с большевиками. Одно за другим вспыхивали восстания зеленых, дезорганизовавшие советскую власть. Предельно обострились и отношения с Махно.
В отличие от большинства автономных батек-атаманов, не имевших твердых политических убеждений, Махно их имел. По своим взглядам он был коммунистом и сторонником советской власти, а с начала 1919 года стал все больше склоняться в сторону анархизма под влиянием своего ближайшего окружения. В результате получилась смесь того и другого (Махно сам называл себя анархо-коммунистом).
В отличие от большинства других атаманов, идеологически Махно был значительно ближе к большевикам, поэтому их союз оказался более прочным. Махно разделял базовые ценности большевиков, но не поддерживал ряд отдельных практик, типа продразверстки, гонений на свободу прессы и всевластия ВЧК. Он даже позволял себе открыто критиковать эти практики, что, конечно, не нравилось большевикам.
В партии Махно не доверяли (откровенно говоря, большевики не доверяли вообще никому, порой и самим себе), поэтому при включении махновцев в состав РККА (бригада Заднепровской дивизии) его бойцы получили итальянские винтовки с нестандартным калибром. Распространенные в России патроны к ним не подходили, таким образом махновцы стали полностью зависимы от большевиков в деле снабжения боеприпасами. Так партия обезопасила себя на случай бунта и заодно сделала бригаду более управляемой.
В марте 1919 года махновцы неплохо показали себя в боях за Бердянск, Волноваху и Мариуполь. Однако сразу после того, как большевики заняли Украину, их медовый месяц с местными атаманами завершился. Началось закручивание гаек и урезание автономии непартийных командиров, что вызвало их недовольство.
В начале апреля 1919 года начался «зеленый потоп», он же атаманщина. Один за другим с большевиками порвали ряд видных командиров: Григорьев, Струк, Терпило, Шарый-Богунский. Махно заколебался, но на разрыв не решился. Однако он все же отреагировал на серию восстаний. 10 апреля в Гуляйполе был созван съезд махновцев, который принял неприятную для большевиков резолюцию. В ней была подвергнута критике деятельность ВЧК, а также содержались требования изменения аграрной политики и возврата свободы слова, печати и собраний.
Большевики с самого начала не слишком доверяли батьке, а после успехов на Украине стало раздаваться еще больше голосов с предложениями отстранить его от дел. С началом атаманщины эти голоса только усилились.
Однако на фоне начавшихся восстаний большевики не решились рвать с Махно, опасаясь что его восстание только ухудшит и без того не самую благополучную обстановку. Непосредственный начальник Махно Дыбенко ограничился телеграммой, в которой объявил любые съезды советов, созванные от имени махновцев, контрреволюционными.
Чуть позже в харьковских «Известиях» вышла статья «Долой махновщину», в которой батька и царившие у него нравы критиковались на все лады. В ответ Махно, посчитавший это сигналом к атаке на него, задержал ряд комиссаров, которых посчитал нелояльными. Еще часть комиссаров, опасаясь расправы, бежала.
Ситуация достигла пикового напряжения. Разрядил ее визит командующего фронтом Антонова-Овсеенко, который прибыл с инспекцией к махновцам 29 апреля. И те и другие проявили готовность к компромиссу. Антонов-Овсеенко признал, что особого бандитизма в Гуляйполе не наблюдает, а махновцы хоть и находятся под влиянием анархистов, все же могут рассматриваться как надежная союзная сила. Махно, в свою очередь, осудил самые резкие моменты апрельской резолюции и вообще старательно сглаживал углы.
Командующий фронтом уехал, настроенный скорее в пользу Махно, чем против. Однако через несколько дней в Гуляйполе пожаловал Лев Каменев, который остался не очень доволен политическим влиянием анархистов через РВС (Революционный военный совет был политическим органом власти в Гуляйполе). Как раз в эти дни началось восстание Григорьева, который активно звал Махно присоединиться и в партии опасались, что тот переметнется к зеленым.
Махно пытался соблюдать нейтралитет. Он не поддержал восстание, но и большевиков публично подверг критике за их неразумную политику, которая бросает массы на путь озлобления. Однако ситуация была очень сложной и сохранять нейтралитет было трудно. С одной стороны был Григорьев, с которым Махно точно было не ужиться. С другой были большевики, которые батьке не доверяли и при первой возможности порывались отстранить его.
На момент начала григорьевского восстания бригада Махно находилась на стадии переформирования в дивизию. Согласие на переформирование дал сам Антонов-Овсеенко и подтвердил заместитель наркомвоена Украины Межлаук. Однако после мятежа Григорьева Межлаук свое разрешение отозвал и сложилась двусмысленная ситуация. Высшее руководство переформирование отменило, а РВС махновцев публично заявил о преобразовании в Повстанческую дивизию. Со стороны это могло выглядеть как попытка неподчинения приказу.
Большевики решили воспользоваться возможностью и избавиться от Махно.
В РВС Южного фронта родился хитрый план. Махновцев отвести в тыл на переформирование и разбавить надежными частями, а ненадежных командиров убрать. Троцкий идею одобрил, постановив в двухнедельный срок покончить с махновщиной. Помимо разбавления бригады лояльным личным составом в нее планировалось направить проверенных комиссаров и командиров. Идея покончить с махновщиной была поддержана и высшим политическим руководством украинской республики.
Махно понял к чему все идет и публично объявил о том, что покидает пост командира дивизии\бригады, предложив своим бойцам самостоятельно решить, что им делать дальше: остаться в РККА или «работать в интересах народа», что было завуалированным приглашением к уходу в повстанцы.
Вслед за этим РВС махновцев объявил о созыве нового съезда советов гуляйпольского района. Заявление Махно и созыв съезда были истолкованы большевиками как открытый мятеж. 3 июня Троцкий приказывает ликвидировать махновщину. На уничтожение военной организации махновцев отводилось 12 дней. В это время политработники в других частях РККА должны были проводить разъяснительную работу и объяснять, почему Махно подлый предатель революции и анархо-кулацкий развратник.
Махно с группой самых верных и идейных людей покинул армию. Большинство его бригады осталось в РККА.
В приказе Троцкого за №106сообщалось, что «пользуясь временным отступлением наших частей» «подняли голову» некие «негодяи, провокаторы и агенты Деникина», которые сеют панические слухи и клевещут на Советскую власть. Для борьбы с ними приказом создавался Чрезвычайный военно-революционный трибунал во главе с членом СНК Украины Георгием Пятаковым.
Далее в тексте документа эти «враги народа» и намерения в их отношении конкретизируются: «кулацкие сынки, горланы, григорьевцы, махновцы проникшие в среду Красной Армии, должны быть беспощадно раздавлены (…) каленым железом рабочая и крестьянская власть выжжет язву провокации, григорьевщины и махновщины».
Приказ №107 стоит привести целиком:
«Группа лиц, объединенных против партизана Махно, встала на путь предателя и изменника Григорьева, и приступила к организации заговора против Советской власти. Эта банда из Гуляй-Поля осмелилась назначить на 15-е июня съезд анархо-кулацких делегатов для борьбы с Красной Армией и Советской властью.
Этот съезд запрещен. Объявляю, что всякий участник съезда будет рассматриваться, как изменник, который в ближайшем тылу наших красных войск организует заговор и открывает ворота врагу.
Махновцы призывают к себе из других частей и армий перебежчиков.
Объявляю:
Всем военным властям и заградительным отрядам, высланным по моему распоряжению, отдан приказ ловить всех тех предателей, которые самовольно покидают свои части и перебегают к Махно, и предавать их Революционному Трибуналу, как дезертиров для суда, по законам военного времени.
Им кара может быть только одна — расстрел.
Всероссийским Центральным Исполнительным Комитетом России и Украины мне приказано навести порядок на фронте в Донецком бассейне и в ближайшем тылу. Объявляю, что этот порядок будет наведен железной рукой. Враги рабочей и крестьянской Красной Армии, шкурники, кулаки, погромщики, махновцы, григорьевцы, будут беспощадно раздавлены регулярными стойкими, надежными частями.
Да здравствует революционный порядок, дисциплина и борьба со врагами народа!
Да здравствует советская Украина и советская Россия!»
В тот же день Махно отправил телеграмму советским политическим лидерам, в которой назвал себя искренним революционером и попросил прислать толкового командира для замещения его кандидатуры во главе бригады (командиром был назначен Александр Круссер — кузен знаменитой на Украине Евгении Бош, но он погиб в первой же стычке).
На следующий день он отправил еще одну телеграмму, в которой на прощание напомнил свою политическую позицию и еще раз заявил, что никакими заговорами он не занимался и мятежей не готовил. После этого махновцы ушли на соединение с остатками войск атамана Григорьева, а несколько членов его штаба, оставшихся в РККА, были казнены большевиками.
В конечном счете Махно удалось избавиться от Григорьева и перехватить управление его людьми. У него снова появилась заметная вооруженная сила и теперь он действовал от своего имени. Махно начал собственную войну с белыми, попутно кооперируясь то с петлюровцами, то с большевиками. Союз с последними, заключенный уже на излете Гражданской войны, продлился недолго и завершился очередным конфликтом и разгромом, после которого махновцы прекратили свое существование как организованная сила.