Детство провел в селе Старая Жадова Черновицкой области. В 17 лет окончил местную среднюю школу, после поступил в Киевскую духовную семинарию Украинской православной церкви (УПЦ). Окончил ее с самыми высокими оценками в 20 лет. Тогда же поступил в Киевскую духовную академию, учился там до 2003 года, стал кандидатом богословия.
В 24 года начал карьеру в структурах непризнанного «Киевского патриархата». Первая работа — секретарь-референт Ровенского епархиального управления и личный секретарь митрополита Ровенского и Острожского Даниила (Чокалюка). В те же годы стал преподавать в местной духовной семинарии и редактировать издания местной епархии: сайт «Ровно Православное» и газету «Духовная нива».
В 26 лет стал пресс-секретарем Ровенской епархии, сразу же был принят в Национальный союз журналистов Украины.
Еще через два года стал преподавателем Киевской православной богословской академии «Киевского патриархата», а также заведующим кафедрой филологии этого учебного заведения.
21 декабря 2007 года его постригли в монахи в Михайловском Златоверхом монастыре, Сергей Думенко стал в церковном мире Епифанием.
В 2008 году 6 января Филарет дал ему сан иеродиакона, а всего через две недели — иеромонаха. Через пять дней глава патриархата сделал его своим личным помощником, через полтора месяца — архимандритом, а еще через четыре дня, 20 марта, — главой Свято-Михайловского Выдубицкого мужского монастыря в Киеве.
Осенью 2009 года 30-летнего Епифания избрали епископом Вышгородским, викарием Киевской епархии.
Летом 2010 года синод «Киевского патриархата» назначил его ректором Киевской православной богословской академии и управляющим Переяслав-Хмельницкой епархией.
В 2012 году указом раскольника Филарета возведен в сан архиепископа, стал постоянным членом Синода УПЦ КП. Тогда же и появились первые слухи, что в связи с его молодым возрастом и бесконечным доверием главы церкви он является одним из первых кандидатов на замену патриарху в будущем.
Летом 2013 года 34-летний Епифаний стал митрополитом Переяслав-Хмельницким и Белоцерковским, а вместе с тем и Местоблюстителем патриаршего престола (то есть вел бы дела патриарха в случае его тяжелой болезни или смерти. — Ред.).
15 декабря 2018 года на так называемом объединительном соборе раскольников был избран предстоятелем новообразованной церкви Украины с титулом «митрополит Киевский и всея Украины».
Преимуществом Епифания на голосовании стало знание греческого языка, на котором ведутся службы на Фанаре (район Стамбула, где расположена резиденция Константинополя. — Ред.).
По словам религиоведа Алексея Смирнова, Епифаний — креатура главы непризнанного «Киевского патриархата» Филарета, его протеже и ученик.
«В случае его избрания Филарет сохранит свое влияние, повторив ситуацию начала 90-х, когда в отколовшейся УПЦ КП на главной роли был патриарх Владимир (Романюк), но фактически церковью управлял Филарет», — пояснял Смирнов.
6 января Епифаний вместе с президентом Петром Порошенко отправился в Стамбул, чтобы получить томос об автокефалии — церковный документ, означающий завершение процесса получения независимости неканонической церкви.
