О своем утверждении на должность и угрозах, которые за ним последовали, Поклонская рассказала во время интервью. 11 марта 2014 года решением Верховного Совета Крыма она была назначена на должность.

«Мне звонили, пугали, угрожали, рассказывали, что я в тюрьму сяду, что убьют, разорвут, — вспоминает Поклонская. — Звонили сотрудники Генеральной прокуратуры Украины. Откровенно и прямо говорили, что если я сейчас покину прокуратуру Республики Крым и уйду, то они будут расценивать это как добровольный отказ от преступной деятельности. Если же нет, то машина уже выехала со спецназом, меня арестуют, бросят в камеру. Я сказала, что лучше я буду сидеть в камере, чем служить фашистам», — сказала Поклонская.

Прокурор Крыма рассказала об угрозах сотрудников Генпрокуратуры Украины

По ее словам, предложение занять пост прокурора Крыма она получила от Сергея Аксенова. Она была второй кандидатурой на эту должность. Первый кандидат Александр Штехбарт после утверждения на это место отказался.

После создания прокуратуры Республик Крым в ведомстве России 25 марта Наталья Поклонская была назначена и. о. главы созданного ведомства. Она приняла присягу 7 мая. 

Все это время Поклонская входит в список «лиц, скрывающихся от органов досудебного расследования» МВД Украины. 

Как она подчеркивает, она старалась не думать о страхе, а выполнять свою работу. 

В конце декабря на прокурора была совершена попытка покушения. В Симферополе рядом со зданием прокуратуры сотрудники народного ополчения Крыма обнаружили в машине сумку со взрывчатым веществом.