Шефир родился 25 мая 1964 года в Кривом Роге (Днепропетровская область).

После окончания школы поступил в местный горнорудный институт, где вместе со старшим братом Борисом Шефиром увлекся играми КВН, начав писать сценарии выступлений для местных команд.

Владимир Зеленский. Справка
Владимир Зеленский. Справка
© пресс-служба президента Украины | Перейти в фотобанк
Талантливых авторов заметила криворожская команда Высшей лиги КВН «Квартал-95» с Владимиром Зеленским, с которой они сотрудничали вплоть до 2003 года, когда они втроем создали медиакомпанию «Студия Квартал-95».

После этого Сергей Шефир перешел в кинобизнес, написав свой первый сценарий для телевизионного фильма «Профессор в законе» (2006).

Шефир является продюсером таких проектов «Студии Квартал-95», как сериалы «Чудо» (2009), «Сваты» (2009-2013), «Слуга народа» (2015-2019), полнометражных фильмов «Ржевский против Наполеона» (2012), «Любовь в большом городе – 3» (2014), а также сценаристом картины «Служебный роман. Наше время» (2011).

Андрей Богдан. Справка
Андрей Богдан. Справка
© Facebook, Андрей Богдан
По собственному признанию, Шефир и дальше планировал оставаться в киноиндустрии, однако в его планы вмешались президентские амбиции друга и бизнес-партнера Зеленского, который предложил братьям Шефирам войти в его избирательный штаб.

Указом вступившего в должность главы государства Зеленского Сергей Шефир получил должность первого помощника президента.

Женат, есть сын. Брат — Борис Шефир, продюсер и сценарист.