Родился в поселке Погребище Винницкой области 2 мая 1969 года. В 8 месяцев вместе с родителями переехал в Казахстан, где прожил до 8 лет, после чего вернулся обратно.

Окончил Паланскую школу (село Паланка Уманского района Черкасской области) с золотой медалью.

В 1986 году поступил на исторический факультет Черновицкого государственного университета имени Ю. Федьковича. После первого курса Бондаренко призвали в армию. Служил в Советской армии в Туркестанском военном округе (стратегическая авиация).

В 1990 году Константин переехал в Львов. В 1994 году окончил исторический факультет Львовского государственного университета им. Ивана Франко, специальность — история международных отношений.

Во время учёбы начал работать. Сотрудничал с Львовским отделением Института украинской археографии и источниковедения имени М. Грушевского НАН Украины, работал в архивах Львова, Киева, Минска, Москвы и Варшавы.

Главная тема исследований — деятельность националистических организаций в 20—40-х годах XX века.

После окончания университета Бондаренко преподавал в Львовском политехническом институте, занимался научной работой, принимал участие  в различных журналистских и общественно-политических проектах, руководил отделом политики культовой газеты «Поступ», участвовал в создании львовского Центра политических исследований «Нова хвиля».

В октябре 2002 года стал директором Центра исследований общественных процессов.

Помимо этого, Бондаренко активно проявляет себя как журналист. Сотрудничает с газетами «Зеркало недели», «Факты», «Киевский телеграф», интернет-изданиями «Украинская правда», «Обозреватель», «Полемика» и др.

Автор 7 монографий, более 3000 статей в периодике и более 50 научных работ.

Автор книг «Атланты и кариатиды из-под "крыши" президента» (2000) о Леониде Кучме и его окружении,«Система БЮТ, или Блок Ющенко-Тимошенко» (2004), «Леонид Кучма: портрет на фоне эпохи» (2007), «Профильные украинцы» (т. 1) (2007), «Леонид Кучма» (2009), «История в профиль» (2012).

Помимо политических вопросов, Константин Бондаренко увлекается дельтапланеризмом, айкидо, литературой, изучает кухни народов мира.

Женат, воспитывает троих детей.