Василий Шахрай родился в селе Харьковцы Полтавской губернии. Сам он считал себя потомком казачьего рода. Основным его псевдонимом была фамилия Скоровстаньский.
Учился Шахрай в Крыму — в Феодосийском учительском институте. После его окончания некоторое время работал сельским учителем в Херсонской губернии, затем уехал в Петербург, где подрабатывал уроками, пытался учиться в Институте высших коммерческих знаний и участвовал в деятельности украинского землячества.
Политикой Шахрай заинтересовался еще в годы учебы в Феодосии, когда состоял в студенческом эсеровском кружке. Позднее он перешел на марксистские позиции и примкнул к УСДРП. В период учебы в столице началась мировая война и в 1916 году студента Шахрая отправили в почти родную Полтаву, учиться на курсах прапорщиков. Погоны он получил буквально за несколько дней до февральской революции.
Сразу же после нее Шахрай развел бурную активность.
В частности, участвовал в нескольких съездах советов в качестве делегата сначала от полтавских солдат, потом от местных большевиков. В Полтаве он сошелся с Сергеем Мазлахом — активным национал-коммунистом, который имел собственный взгляд на национальную политику, отличавшийся от ленинского.
Под влиянием Мазлаха и Шахрая полтавский комитет большевиков начал стремительно двигаться в сторону национал-коммунизма. В частности, они с гораздо большей терпимостью и симпатией относились к Центральной Раде, которая считалась большевиками буржуазной, хотя в подавляющем большинстве состояла из социалистов разного, в т.ч. и марксистского, толка.
Коммунисты-полтавчане поддерживали все универсалы УЦР, украинизацию армии и прочие мероприятия киевлян. Большевики некоторое время сквозь пальцы смотрели на самодеятельность полтавских соратников.
После того, как большевикам не удалось провозгласить власть советов в Киеве, они переместились в Харьков, где созвали свой съезд советов без конкурентов. Шахрай приехал туда и примкнул к т.н. «харьковскому правительству».
В противовес Раде, большевики создали в Харькове в декабре 1917 года Народный секретариат Украины. Шахрай вошел в историю как участник первого состава первого советского правительства на Украине, наряду с такими знаменитостями как «товарищ Артем», Евгения Бош, Николай Скрипник, Владимир Затонский.
Поскольку у Шахрая за плечами была школа прапорщиков то он был назначен сразу на очень высокий пост народного секретаря по военным делам. Фактически — военного министра. Под руководством Шахрая началось формирование первых советских частей на Украине и, в частности, знаменитого в годы Гражданской войны Червонного казачества.
Вскоре Шахрай понадобился в Бресте.
Там большевики вели переговоры о мире с немцами и их союзниками. Из-за ряда дипломатических промахов большевистских делегатов немцы смогли заявить в качестве независимой стороны на переговорах делегацию от свежепровозглашенной УНР.
Пытаясь исправить свою ошибку, большевики решили привезти своих людей и выдать их за единственных настоящих и правильных украинцев, которые имеют право участвовать в переговорах. В этом качестве в Брест приехали Шахрай и Затонский, где они были представлены немцам в качестве единственных легитимных делегатов от Украины.
Немцы, разумеется, столь нехитрый трюк легко раскусили и в итоге приехавшим делегатам пришлось возвращаться ни с чем.
После возвращения Шахрай некоторое время входил в состав Секретариата, теперь уже в качестве секретаря по земельным делам. Но длилось это недолго. В результате подписания Брестского мира и наступления немцев большевики экстренно эвакуировались из Украины.
Шахрай уехал в Москву, где работал в украинском отделе при Наркомнаце. Затем он перебрался в Саратов, к давнему полтавскому соратнику Мазлаху. Вместе они опубликовали пламенный манифест «К текущему моменту», в котором вступили в полемику с Лениным и другими «великодержавными большевиками». Мазлах и Шахрай требовали полного соблюдения принципа самоопределения наций и настаивали на том, что большевики должны предоставить Украине полноценную независимость и вообще не вмешиваться в её дела.
Свой манифест они распространяли среди большевиков-украинцев. Закончилось все скандалом. Оба национал-коммуниста были исключены из партии. С этого момента пути соратников разошлись.
Мазлах уехал в Москву и добился восстановления в партии. А Шахрай попытался скооперироваться с активистами «незалежников» — членов УСДРП(н) — небольшой партии, отколовшейся от УСДРП из-за расхождения в вопросе самоопределения наций и украинской независимости.
Партия просуществовала совсем недолго и большая часть актива примкнула либо к боротьбистам, либо ушла к «укапистам» (Украинская коммунистическая партия, стоявшая на национал-коммунистической платформе).
Шахрай, еще год назад бывший влиятельной фигурой, остался без связей и поддержки и в итоге пытался работать учителем в сельских школах на Полтавщине. Вскоре он погиб при неизвестных обстоятельствах.
Согласно наиболее распространенной версии, он уехал на Кубань, где намеревался примкнуть к революционному подполью и пал жертвой контрразведки белых. Однако у самих белых никаких документов на этот счет не оказалось. Предполагается, что он погиб в Новороссийске или Ростове-на-Дону в начале 1920 года.
