Член «Оппозиционной платформы» публично пригрозил рассказать о том, как представитель парламентской фракции БПП сотрудничал с ФСБ и доносил на украинское руководство, после того как был задержан в Москве на похоронах российского оппозиционера Бориса Немцова зимой 2015 года. Кроме того, он признался, что освободить бывшего регионала помог только звонок нынешнего лидера общественного движения «Украинский выбор — выбор народа» Виктора Медведчука президенту России.
«Я жалею об одном: что в 2014 году позвонил Медведчуку, попросив его обратиться к Путину с просьбой о том, чтобы Гончаренко вернули на Украину», — заявил Нестор Шуфрич.
В ответ Алексей Гончаренко заявил, что по его вопросу министру иностранных дел РФ Сергею Лаврову звонил глава МИД Великобритании. Сторонник Порошенко отметил, что он единственный из украинских политиков поехал почтить память Немцова в Москву, где его «задержали и могли оставить в российской тюрьме надолго».
При этом Гончаренко подчеркнул, что благодарен за освобождение не Медведчуку, а министру внешних сношений Британии и главе ПАСЕ, «которые звонили и рассказывали, что Россия нарушила все международные нормы в отношении украинского делегата ПАСЕ». Кроме того, депутат от БПП обвинил Шуфрича в желании видеть его в застенках Кремля.
В ответ оппозиционный политик предупредил: «Не заставляй меня говорить о том, что ты наболтал ФСБ про Украину и её власти, за те сутки, что находился в Москве».
Сотрудники российских правоохранительных органов задержали Алексея Гончаренко 1 марта 2015 года на траурном марше. Сам нардеп заявлял, что причиной его ареста стала футболка с изображением Немцова и надписью на украинском языке: «Герои не умирают». Через сутки депутат, которого обвиняли в причастности к одесской трагедии 2 мая, был отпущен и вернулся на Украину.