После окончания гимназии, Яков уехал в Киевский университет, где быстро сошелся с революционерами. Вскоре студенческий кружок революционеров был разоблачен, но второкурсник Стефанович бросил учебу и ушел на дно, благодаря чему арестован не был.
В начале 1870-х появилась т.н. «Киевская коммуна» — кружок студентов или недавних студентов, пропагандировавший идеи Бакунина и Лаврова. Среди завсегдатаев кружка была будущая «бабушка русской революции» Брешко-Брешковская, частенько наведывался и Аксельрод — один из будущих отцов российской социал-демократии. Стефанович прибился к кружку.
Помимо пропаганды активисты коммуны также пытались совершить хождение в народ, закончившееся вылазками в Полтавскую и Киевскую губернии.
Вскоре кружок был раскрыт и часть активистов арестована. Стефанович опять сумел уйти. Осколки разгромленной коммуны объединились вскоре в новую организацию — «Южные бунтари». К ней прибился и Лев Дейч — в будущем главный и единственный друг Стефановича.
В недрах кружка бунтарей родился амбициозный замысел — поднять крестьян на вооруженное восстание. Поскольку народническая пропаганда подходила для этого очень плохо, Стефановичу пришел к голову проверенный веками план «самозванства». Среди крестьян планировалось распространять подложные манифесты от имени императора, призывающие их к истреблению дворян и священнослужителей.
С этой целью от кружка бунтарей отпочковалась т.н. «тайная дружина» — революционная организация, занимавшаяся подготовкой вооруженного восстания. Местом действия был выбран Чигиринский уезд Киевской губернии. База революционеров находилась в селе Шабельники. В уезде распространялись «императорские» грамоты такого содержания:
«Непрестанная 20-тилетняя борьба наша за вас с дворянством убедила вас, наконец, что мы единолично не в силах помочь вашему горю, и что только вы сами можете свергнуть с себя дворянское иго и освободиться от тяжелых угнетений и непосильных поборов, если единодушно, с оружием в руках, восстанете против ненавистных вам врагов и завладеете всею землею.
Руководясь сим убеждением, всем Вам, крестьянам, а также и мещанам, верным нам, а не недостойному наследнику нашему Александру Александровичу с его союзниками дворянами и великими князьями, повелеваем: соединяйтесь в тайные общества, именуемые «Тайные Дружины», с тем, чтобы подготовиться к восстанию против дворян, чиновников и всех высших сословий.
Всякий, кто готов положить жизнь свою за великое дело, обязан дать присягу на верность обществу «Тайной Дружины». Сии общества должны держать в самой строгой тайне от дворянского начальства и попов, этих по большей части, шпионов панских, а не достойных пастырей стада Божия. Изменников не должно щадить, и всякий, кто умертвит предателя, совершит доброе и благородное дело.
Повелеваем Тайным Дружинам исполнять наши утвержденные уставы; сохранять твердость и единодушие в своем деле и не верить ни попам, ни дворянам, которые лживыми обещаниями и всякими другими способами будут стараться внести между вами раздор и тем ослабить Ваши силы.
В случае же смерти нашей или другого могущего произойти несчастия, завещаем Тайным Дружинам не покидать своего великого дела и непрестанно с мечем в руке бороться с вечным врагом свободы и благоденствия вашего, пока язва та с корнем не исчезнет с земли Русской.
Когда же священная борьба ваша с дворянами, этим хитрым, но слабым врагом вашим, — с Божией помощью увенчается для вас победой, — тогда вся земля, с лесами и с покосами, станет таким же бесплатным достоянием вашим, как вода, свет солнечный и всякий другой дар Божий, созданный для человека, не будет ненавистного вам дворянского начальства, незнающего сострадания к вам, и воцарится тогда свобода и благоденствие на земле Русской.
Итак, осени себя крестным знаменем, православный народ, и призови благоволение Божие на святое дело твое. Помни, како заповедь, сии слова, сказанные тебе царем-доброжелателем твоим!
На подлинном
Его Императорского Величества печать и подпись «Александр II».
Каждая «тайная дружина» состояла из 25 человек, во главе которых стоял староста. Старосты в свою очередь входили в Совет, который на выборной основе выбирал Атамана, который уже и взаимодействовал с Комиссаром — высшей фигурой, якобы назначенной самим императором.
Разумеется, Комиссаром Стефанович назначил себя.
Стоит отметить, что Стефанович мастерски умел вешать лапшу на уши крестьянам, что отмечали все его соратники-современники. Далеко не у всех революционеров получалось распропагандировать именно мужика. Тихомиров вспоминал:
«Нужно сказать, что у него были выдающиеся способности для исполнения взятой на себя роли. Он даже и по наружности превосходно к ней подходил, особенно в местностях малорусских. Он сам был малорус, конечно, прекрасно говорил по малорусски и глубоко понимал народную психологию. Вышел он, помнится, из среды тамошнего духовенства.
Высокий, мускулистый, он имел умный малорусский тип с оттенком «хитреца» и «себе на уме», а это ничуть не вредит во мнении малороссийского крестьянина. Я даже скажу, что у него был некоторый отпечаток иезуитизма, но это-то уже тоже скорее выгодно в малорусской среде, где очень своеобразно сочетаются простодушие и хитрость.
Стефанович умел помолчать, а малорусы говорят: «Хто мовчить, тот двоих навчить». Но Стефанович умел также и поговорить, если не ораторски, то с оттенками необычайной искренности, умел влезть в душу человека и сообразоваться в своей речи с индивидуальностью его. Он был по натуре превосходный актер, входил в свою роль и как будто сам верил тому, что говорил.
Позднее мне пришлось познакомиться с ним довольно близко, и я обратил внимание на странную и неприятную его черту: он был чрезвычайный лгун и лгал даже без надобности, как будто из какого-то удовольствия обмануть человека, даже если бы обман должен был немедленно обнаружиться. Не было ни малейшей возможности различить, когда он говорил правду и когда обманывал».
К тому моменту, как «тайные дружины» разрослись до нескольких сотен человек, их раскрыли и Стефанович наконец был арестован.
К слову, хотя его история и наделала немало шума, большинство революционеров относились к ней скорее негативно. Потому что высшим шиком было распропагандировать крестьянина идеями социализма, а «самозванство» Стефановича они видели недалеко ушедшим от примитивной «пугачевщины».
Тем не менее, лихость замысла проняла революционную молодежь.
Стефановичу организовали бегство из Киевского тюремного замка. Один из революционеров устроился туда на работу и помог ему бежать. После этого беглец некоторое время прожил в Одессе и Петербурге в глухом подполье, а затем вместе с Дейчем перебрался в Европу.
Там он, однако не задержался и после убийства императора вернулся в Россию, ожидая начала революции.
Последним его глобальным замыслом стала попытка создания широкой революционной коалиции. Стефанович вел переговоры о создании тайной славянской революционной организации.
Малороссов должен был представлять сам Стефанович, великороссов — народоволец Тихомиров, а поляков — глава первой социалистической партии России («Пролетариат») Людвиг Варынский. Втроем они должны были тайно руководить революционным движением в империи.
Из этой затеи ничего не вышло, а в 1882 году Стефанович вновь был арестован и получил 8 лет каторги.
Он отбыл весь срок в Якутии, где в дальнейшем остался на поселении и занимался научными исследованиями. Позднее ему было разрешено вернуться в Черниговскую губернию, где он и провел остаток жизни.
После освобождения он совершенно отошел от революционных дел и в отличие от своего старого друга и соратника Дейча совершенно пропал из виду. Даже старые соратники не знали, чем он занимался и что делает.
Известно, что умер Стефанович в 1915 году в возрасте 60 лет. Из-за отхода от политической деятельности, но в большей степени из-за неодобряемых методов «самозванства», даже в советское время Стефановичу уделялось совсем мало внимания, и он затерялся на фоне большинства прочих народников.