Сергей Александрович Марков родился 18 апреля 1958 года в городе Дубна Московской области.
В 1974-1977 обучался в Московском авиационном институте на факультете «Летательные аппараты».
С 1977 по 1980 г. проходил службу в пограничных войсках КГБ СССР, лейтенант запаса.
В 1986 году окончил философский факультет МГУ, кафедра «научный коммунизм».
В 1989 —2011 гг. — преподаватель МГУ им. Ломоносова на факультетах философии и политологии, а так же в МГИМО МИД РФ и Университете Высшая школа экономики.
В 1986-1989 гг. преподавал общественные дисциплины в Дубненском филиале МИРЭА, являлся членом неформального политического клуба «Демократическая перестройка», член движения «Демократическая Россия».
С 1990 г. работает в качестве консультанта-эксперта по политическим вопросам ряда российских и международных организаций: Национального демократического института международных отношений (США 1990-1999 года), Московского центра Карнеги (1994-1999 года) и других.
В 1999 году создал и возглавил Институт политических исследований в Москве, а также основал международный экспертно-политический форум «Форос».
В 2001 году стал главным редактором «Иносми.Ru», председателем оргкомитета «Гражданского форума», который прошел в Кремле при участии президента РФ Путина В.В.
Член Совета при Президенте Российской Федерации по развитию гражданского общества и прав человека, координатор клуба «Гражданские дебаты».
В 2007-2011 гг. — депутат Государственной Думы РФ пятого созыва от партии «Единая Россия».
Заместитель председателя комитета по делам общественных объединений и религиозных организаций, член Генерального совета партии «Единая Россия», а также член постоянной делегации Государственной Думы в Парламентской ассамблее Совета Европы (ПАСЕ).
Член Совета по внешней и оборонной политике, член правления Российской ассоциации политических наук, член оргкомитета компании «Покупайте российское», президент Центра защиты граждан России за рубежом и поддержки соотечественников.
В 2009-2012 гг. включен в состав Комиссии при Президенте России по противодействию попыткам фальсификации истории в ущерб интересам России.
В 2011 г. назначен на должность проректора РЭУ им. Г.В. Плеханова по связям с государственными органам и общественными организациями.
6 февраля 2012 года был официально зарегистрирован как доверенное лицо кандидата в президенты РФ и действующего премьер-министра Владимира Путина.
С 2015 года — председатель Общественного совета Ростуризма.
С 2017 года — генеральный секретарь Российско-турецкого общественного форума.
С 2017 года — член Общественной палаты Cоюзного государства Россия-Беларусь.
Участник общественно-политических программ на радио и телевидении.