Котовский был застрелен в поселке Чабанка неподалеку от Одессы. В настоящее время этот поселок именуется Черноморское. Свидетелей убийства не было, а единственный подозреваемый не имел явного мотива убивать своего благодетеля и получил на удивление мягкое наказание.
В Чабанку Котовский приехал отдохнуть с женой. Там имелся небольшой дом отдыха, а знаменитому красному командиру выделили отдельный дом. Там же отдыхали и другие командиры, с которыми в последний вечер Котовский предавался воспоминаниям. Не обошлось и без алкоголя.
Беременная жена Котовского вернулась домой пораньше, а Котовский засиделся и ушел уже ночью. Но до дома он не дошел. Практически на крыльце он был застрелен (также существует версия, что Котовский был убит в другом месте, а его тело подбросили на крыльцо и имитировали стрельбу). Свидетелей преступления не было. Убийство взял на себя некий Майер Зайдер, бывший подручный одесского гангстера Мишки Япончика.
Казалось бы, все ясно, но дальше в деле начались странности.
Во-первых, сам Зайдер попросту не имел мотива к убийству. Когда после гражданской войны он остался без средств к существованию, Котовский устроил старого знакомого начальником охраны на сахарном заводе.
Во-вторых, Зайдер на следствии постоянно менял показания. То он утверждал, что застрелил Котовского из ревности, за то, что тот домогался до его жены. То заявлял, что убийство произошло случайно, якобы он бросился разнимать пьяный конфликт, вспыхнувший у Котовского с кем-то из присутствовавших и, пытаясь отобрать у них пистолет, случайно нажал на курок. Потом стал утверждать, что застрелил Котовского из обиды за то, что тот его не повышал по службе.
В-третьих, выглядит очень странным гуманизм советской власти по отношению к убийце крупнейшего политического и военного деятеля. В советские времена такие преступления однозначно вели к смертной казни. К тому же в подобных делах всегда видели большую политику.
В логике советской власти было бы объявить Зайдера агентом румынской Сигуранцы и приговорить к смертной казни. Тем более, что у румынских спецслужб как раз мог бы быть мотив, не стоит забывать про попытку большевиков создать Молдавскую АССР с прицелом на возвращение Бессарабии. Однако Зайдера не объявили румынским шпионом, а приговорили к 10 годам лишения свободы. Причем сидел он в весьма льготных условиях, работал в тюремном клубе, был бесконвойным (т.е. имел право выхода в город), а всего через 2,5 года и вовсе был освобожден.
Через некоторое время после выхода Зайдера, он был убит старыми котовцами. Организатором убийства был Григорий Вальдман — бывший вор-рецидивист и один из ближайших сподвижников Котовского. Однако никого судить за убийство Зайдера не стали. После его смерти не осталось ни одного свидетеля гибели Котовского и шансы распутать это загадочное дело стали близки к нулю.
Версия о том, что смерть Котовского была не случайной, пользовалась популярностью уже в 20-е годы и сохраняет актуальность по сей день. Котовский к моменту смерти был весьма крупной фигурой, и его смерть могла быть на руку многим.
В годы НЭПа Котовский превратился в своеобразного «смотрящего» за Уманью. Он наладил «военно-потребительскую кооперацию» в которой были задействованы сами котовцы, делавшие на продажу одежду и сапоги. В подчинении у Котовского было несколько сахарных заводов, мельниц, пивоваренных заводов, подсобных хозяйств и коммун. На многих его предприятиях работали старые сослуживцы и подчиненные.
Помимо этого Котовский стремительно превращался и в политическую фигуру, близко сойдясь с Михаилом Фрунзе. Могущественный Фрунзе, ставший начальником штаба РККА, а вскоре и главой Реввоенсовета и наркомом по военным делам, покровительствовал идее создания Молдавской АССР. Котовский также был активным сторонником создания автономии.
Любопытно, что среди главных сторонников создания этой автономии почти не было этнических молдаван или румын. Котовский имел польско-русское происхождение, Ткаченко и Бубновский также не имели молдавских корней, как и Тимов-Тинкельман.
У автономии было немало противников, как среди руководства УССР (автономию планировалось выделить из регионов, ранее входивших в Одесскую и Подольскую губернии), так и в СНК, где опасались, что создание МАССР спровоцирует Румынию на конфликт. Однако вопрос удалось согласовать на самом верху, и в конце 1924 года автономия была создана.
При этом в течение 1925 года при загадочных обстоятельствах умерли двое видных инициаторов создания МАССР. Котовский был застрелен, а несколько месяцев спустя по время операции умер его высокопоставленный покровитель Фрунзе.
Теоретически мотив устранения Котовского был и у Сигуранцы (в этом случае он очевиден) и у большевиков.
Молдавская автономия была важным политическим проектом. Молдаване там не составляли большинства, смысл автономии заключался в дипломатическом и политическом давлении большевиков на Румынию с целью возвращения Бессарабии (губерния была отторгнута Румынией в 1918 году). При этом действовать надо было аккуратно, чтобы не наломать дров и не спровоцировать Румынию на конфликт. Трудноуправляемый Котовский для тонкой политики не очень подходил, вдобавок он не разбирался в марксизме-ленинизме и коммунистом по большому счету не был, что все прекрасно понимали.
Доверять попутчику партии столь деликатное дело было слишком рискованно. Большевики также понимали, что Котовский крайне амбициозен и очень тяжело отреагирует на попытку его отстранения от дел.
Косвенной уликой в пользу заказного политического убийства служит и факт весьма гуманного отношения к Зайдеру и его странное поведение на следствии и суде. Сын Котовского уже после распада СССР предполагал, что отца могли убить в рамках политической борьбы за власть в РККА между сторонниками Сталина и Троцкого, которая активно развернулась в 1924-1925 годах.
Не стоит сбрасывать со счетов и криминальную версию. Известно, что в последний вечер Котовский отдыхал с алкоголем. Учитывая тот факт, что он был человеком весьма горячим и резким, нельзя исключать, что Котовский погиб в пьяной ссоре.
Так или иначе, после загадочной смерти Котовский вошел в число самых знаменитых революционных героев. Вместе с Чапаевым и Буденным он составил триаду главных военачальников Гражданской войны, хотя его вклад в итоговую победу весьма скромен.
Вопрос о виновниках гибели Котовского в посвященных ему биографических книгах в советское время обходили стороной. Обычно указывалось, что Котовского убили некие враги, хотя в сталинское время официально считалось, что убийцами были «троцкистские выродки».