9 июня 1995 года президенты Леонид Кучма и Борис Ельцин завершили, как тогда казалось, многолетний конфликт, договорившись о разделе Черноморского флота СССР. С момента распада Советского Союза именно эта тема стала самой проблемной в отношениях между двумя государствами
Как известно, в декабре 1991 года Ельцин и Кравчук подписали Беловежские соглашения, ставшие концом СССР. Правда, на смену СССР должен был прийти СНГ — новый интеграционный проект. Именно по этой причине все конфликтные вопросы, типа принадлежности Черноморского флота, решили оставить на потом.
В частности, Черноморский флот должен был быть переподчинен СНГ, а его моряки с января 1992 года давали присягу не СССР, не России и не Украине, а Содружеству независимых государств.
Однако уже к февралю 1992 года стало понятно, что никакой интеграции не будет, а СНГ оказался мертворождённым проектом. Оба государства испытывали последствия политики шоковой терапии и на этом фоне и Кравчук, и Ельцин экстренно попытались подзаработать баллов для своей пошатнувшейся популярности путём битвы за флот.
В Севастополь потянулись делегации из обеих стран, пытавшиеся разжечь конфликт в своих интересах. Севастополь посетила группа украинских депутатов, у которых сразу же возник конфликт с последним советским командующим флотом адмиралом Игорем Касатоновым, который запретил пускать делегатов на корабли. В ответ на этот визит в Крым вскоре прибыл вице-президент России Александр Руцкой, заявивший, что Черноморский флот является русским и призвавший моряков "не присягать ряженым".
Эти визиты привели к апрельской "войне указов".
Украинский лидер Кравчук заявил, что не будет больше терпеть подобные хамские выходки и издал указ о переподчинении флота Киеву, а главой ВМС назначил уроженца Пскова и выпускника ленинградской Военно-морской академии Бориса Кожина — убеждённого сторонника украинской независимости.
В свою очередь Ельцин издал встречный указ, объявивший Черноморский флот российским. Адмирал Касатонов Кожина не признал. В итоге появилось два штаба — один российско-СНГшный, во главе с Касатоновым, второй украинский — во главе с Кожиным, к которому перебежала группа офицеров, присягнувших Киеву. В свою очередь здание штаба Касатонова осадили проукраинские пикетчики.
Тем не менее, конфликт вскоре пошёл на убыль.
Кравчук и Ельцин договорились о том, что на двухлетний переходный период флот останется в подчинении двух президентов, а за этот период стороны договорятся об устраивающей всех форме раздела. В рамках компромисса было решено, что моряки, призванные из разных стран, будут присягать каждый своей стране — призванные из Украины — Украине, из России — России.
Впрочем, конфликт это не погасило.
Весной 1992 года группа офицеров, не желавших присягать Киеву, увела из Донузлава в Севастополь МПК-116. А через несколько месяцев уже группа проукраински настроенных офицеров угнала из Донузлава СКР-112. Корабль поднял украинский флаг и отправился в Одессу, за ним в погоню отправились несколько кораблей ЧФ.
Дошло даже до стрельбы по курсу корабля, но в конечном итоге закончилось скорее комично. Добравшийся до Одессы корабль с пафосом был объявлен первым кораблем ВМС Украины, а через несколько месяцев продан на металлолом.
Далее конфликт предсказуемо скатился в вязкое бодание с взаимными обвинениями в нечестной игре.
Российские должностные лица обвиняли Киев в том, что он оказывает психологическое давление на офицеров ЧФ, убеждая их присягнуть Украине. Кроме того, Киев обвиняли в попытках в одностороннем порядке присвоить те или иные объекты. В свою очередь Украина обвиняла Москву в разжигании антиукраинских настроений на флоте, травле присягнувших Украине офицеров и т.д.
В 1994 году отведённые на раздел флота два года истекли, однако стороны так и не приблизились к разрешению конфликта. Напротив, он вспыхнул с новой силой.
В марте 1994 года произошла битва за жилой дом в Севастополе.
Командующий ЧФ Эдуард Балтин и новый глава ВМС Украины Владимир Безкоровайный одновременно выписали ордера на все квартиры в новом доме соответственно, российским и украинским офицерам (по изначальному замыслу заселить дом планировалось и теми, и другими в определённых пропорциях, но уступать никто не захотел). В итоге украинские офицеры, на подмогу к которым прибыли морпехи, заняли оборону в доме, который штурмом попытались взять российские морские пехотинцы.
Дело дошло до рукопашной, но обошлось без жертв.
Через месяц вновь произошла драка – гидрографическое судно "Челекен" подняло российский флаг и ушло из Одессы в Севастополь. В погоню отправили пограничные катера и несколько самолетов. В ответ из Севастополя отправилась им навстречу ударная корабельная группа.
В итоге обстреливать корабль-беглец не решились, но Киев решил отыграться на 318-м Одесском дивизионе кораблей консервации ЧФ, командование которого заподозрили в помощи беглецам. Командный пункт и склад оружия дивизиона были захвачены ротой украинских десантников, а военнослужащих после рукопашной схватки арестовали.
Конфликт в очередной раз вызвал горячие протесты в обеих столицах и взаимные обвинения. Закончилось все тем, что российских служащих дивизиона выслали из Украины, а украинских раскидали по другим подразделениям.
Москва и Киев крайне болезненно воспринимали уступки в этом вопросе, и те и другие хотели воспользоваться ситуацией и откусить от советского флота по максимуму. А были и те, кто выступал за военный союз России и Украины на базе СНГ и считал, что раздел флота окончательно разведёт "братские республики" и похоронит любые интеграционные поползновения.
Наконец, 9 июня 1995 года уже новый украинский лидер Кучма подписал с Ельциным Соглашение о раздельном базировании российского Черноморского флота России и Военно-морских сил Украины.
В соответствии с ним, ЧФ РФ и ВМС Украины отныне базировались раздельно. Все корабли флота должны были быть разделены между двумя странами в пропорции 82 на 18 в пользу России. Личному составу предоставлялось право выбрать, где они хотят служить в дальнейшем.
Соглашение, с одной стороны, погасило страсти, кипевшие вокруг флота с момента распада СССР. С другой стороны, окончательно похоронили любые мечты о каких-либо формах интеграции. Каждый двинулся своим путём, а окончательно урегулировать все технические и организационные вопросы предполагалось спустя еще два года. Что и произошло после подписания соглашения о статусе и условиях пребывания ЧФ на территории Украины, которое было денонсировано уже в 2014 году.