Сергей Александрович Марков родился 18 апреля 1958 года в Дубне Московской области.
С 1977 по 1980 год проходил срочную службу в Пограничных войсках КГБ СССР в Заполярье.
В 1986 году с отличием окончил философский факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
В 1995 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата политических наук по теме «Формирование многопартийной системы в России».
С 1986 по 1989 год работал преподавателем в Дубненском филиале Московского института радиотехники, электроники и автоматики (МИРЭА).
С 1989 по 2011 год — преподаватель, научный сотрудник, доцент кафедры государственной политики философского факультета, факультета политологии МГУ им. М.В. Ломоносова, преподаватель в университете Высшая школа экономики, профессор МГИМО при МИД РФ.
В МГУ и МГИМО Сергей Марков преподавал курсы «Теория и практика СМИ», «Авторитарные режимы», «Современный политический процесс в России», «Особенности российского и мирового политического консалтинга».
В 1991 году — член правления Социал-демократической партии России (СДПР).
В 1998 году основал ООО «Институт политических исследований» и возглавил его в качестве директора.
С 2000 по 2002 год работал главным редактором, руководителем иностранной службы интернет-СМИ «Страна.ру».
С 2006 по 2007 год — член Общественной палаты, председатель комиссии по международному сотрудничеству и общественной дипломатии.
В 2007 избран депутатом Государственной думы V созыва по спискам партии «Единая Россия».
В 2012 году был официально зарегистрирован как доверенное лицо кандидата в Президенты РФ и действующего премьер-министра Владимира Путина.
С 2017 года — генеральный секретарь Российско-турецкого общественного форума
Награжден Благодарностью Президента Российской Федерации за большой вклад в развитие институтов гражданского общества и обеспечение защиты прав и свобод человека и гражданина
Автор публикаций и книг.