Новосозданную ПЦУ сразу стали сотрясать скандалы, которые в итоге и привели к ее расколу. Поводом послужило утверждение Филарета о том, что при экс-президент Петр Порошенко уговорил его снять свою кандидатуру на выборах предстоятеля, пообещав негласное руководство.
Однако, по словам Филарета, договоренности были нарушены. В связи с этим он опубликовал обращение, в котором подчеркнул, что его «патриархат» не ликвидирован, а значит, он является действующим «патриархом».
Константинопольский патриарх Варфоломей, под руководством которого была создана «церковь», заявил в свою очередь, что «Киевского патриархата» никогда не существовало и не существует сегодня.
По мнению политолога Ростислава Ищенко, затея с томосом уже давно превратилась в «чемодан без ручки», поскольку идея о единой церкви привела к еще большему расколу уже в рядах самих раскольников, что только дискредитирует самого Варфоломея в глазах мирового православия.