Родился Яновский 24 июня 1860 года в селе Миньковцы Подольской губернии (сейчас — на территории Хмельницкой области). Принадлежал к старинному дворянскому роду Гоголей-Яновских, восходящему к гетману Правобережной Украины Остапу Гоголю, одному из прообразов Тараса Бульбы. Николай Васильевич Гоголь — дальний родственник Гоголей-Яновских. Отец Феофила Гавриловича, учитель, бережно хранил книгу «Миргород» с автографом великого писателя.
И ещё одно пересечение: жена Феофила Гавриловича — Анна Викторовна, урождённая Григорович-Барская, — потомок знаменитого киевского архитектора XVIII века.
Яновский окончил 3-ю киевскую гимназию на Подоле и медицинский факультет университета Св. Владимира.
После работы в больнице отправился практиковаться в Европу, где изучал бактериологию в институтах Роберта Коха и Луи Пастера.
С 1896 года работал в Институте экспериментальной медицины в Санкт-Петербурге.
В 1898 году Феофил Гаврилович стал заведующим терапевтическим и инфекционным отделением Александровской больницы в Киеве. С его приходом в больнице начали проводиться научные исследования. На её базе была основана вторая на Украине бактериологическая лаборатория (первая — в Одессе в 1886 году). Раз в неделю Яновский собирал врачей отделения у себя, чтобы ознакомить с новинками медицинской литературы, обсудить результаты исследований. Интересно, что за время работы Яновского в клинике никто из его врачей не заболел инфекционной болезнью. А ещё в больнице был «погреб Яновского», где во время погромов прятались евреи…
С 1904 года Яновский — профессор кафедры госпитальной терапии медицинского факультета Новороссийского университета в Одессе. В 1905 году он вернулся в Киев, стал профессором кафедры врачебной диагностики, а в 1914-м — госпитальной терапии медицинского факультета университета Св. Владимира.
Яновский занимался лечением туберкулеза, тифа, дифтерии (в 1895 году изготовил первую в России противодифтерийную сыворотку). В 1898 году защитил докторскую диссертацию на тему «К биологии тифозных бацилл».
Яновский — один из основателей фтизиатрии. Он был редактором первого руководства по туберкулёзу (1923). При его активном участии были организованы санатории для туберкулёзных и лёгочных больных, а также Киевский институт туберкулёза (ныне Национальный институт фтизиатрии и пульмонологии имени Ф.Г. Яновского). Написал более 60 научных работ, посвящённых пульмонологии, гастроэнтерологии и нефрологии. В 1927 году написал монографию «Диагностика заболеваний почек в связи с их патологией».
Яновский был лечащим врачом Леси Украинки, Марии Заньковецкой, Ивана Карпенко-Карого, Михаила Старицкого, Николая Лысенко. Обращалась к его помощи и Петр Столыпин, и фантастически богатые члены семьи Терещенко, и основательница Покровского монастыря преподобная Анастасия (в миру — великая княгиня Александра Петровна).
Доктор не отказывал никому, и, случалось, самым бедным своим пациентам давал не только рецепты, но и деньги на приобретение лекарств и хлеба. И если медики называли его «врачебной совестью», то для киевлян он был «святой доктор».
С именем Феофила Яновского связано множество легенд.
Биограф Яновского Гелий Аронов приводит рассказ дочери одного из пациентов Феофила Гавриловича, которая была свидетельницей одного позднего его визита: «Профессора Яновского мы пригласили к отцу, заболевшему воспалением лёгких. Профессор пообещал прийти вечером, и мы спокойно ждали его, пока не стемнело. Жили мы в частном секторе на Лукьяновке, и волноваться стали потому, что во дворе у нас была огромная злая собака. Привязать-то покороче мы её привязали, но боялись, что она всё же начнет лаять и напугает Феофила Гавриловича. Поэтому каждые 10-15 минут кто-нибудь выходил с керосиновой лампой на крыльцо и вглядывался во тьму. И всё же мы его пропустили… Собака не могла не почуять чужака, но молчала. Это и поразило нас больше всего, когда раздался стук в дверь и на пороге появился профессор Яновский. Не сговариваясь, в один голос мама и бабушка воскликнули: «Святой пришел!»
Однажды вечером к нему в дом забежала девочка в форме гимназистки и позвала помочь ее матери, которой было очень плохо. Яновский тут же собрался и пошёл за ней, но по дороге её потерял, однако нашёл комнату в бедном доме, где действительно была женщина в очень плохом состоянии, а на стене висел портрет гимназистки. Сделав в необходимые процедуры, Яновский сказал женщине, что успел только благодаря ее дочери. Женщина разрыдалась — дочь умерла годом ранее…
Обращались к его помощи и киевские бандиты. Они знали, что Яновский поможет и не настучит в полицию.
Тем не менее, однажды в тёмной подворотне у него вырвали из рук саквояж. На следующее утро Яновский обнаружил саквояж у дверей своего кабинета. Внутри была добавлена небольшая сумма денег и записка — «извините, доктор, мы вас не узнали». После этого случая, если «святому доктору» приходилось ехать ночью по вызову, его сопровождала вооружённая охрана, передавая из рук в руки на границах зон ответственности банд.
Кстати, извозчики возили его бесплатно — ещё и благодарили за честь подвести такого пассажира…
Перед самой революцией в городе произошла занимательная история. Яновский уснул в трамвае и случайно обронил книжечку с адресами своих пациентов. Весть о пропаже тут же опубликовали в газете «Киевлянин». Весь город двое суток искал книжку Яновского. В конце концов, её нашли, вернули хозяину, категорически отказавшись брать с него вознаграждение.
Кстати, «остробородый в золотом пенсне» из «Белой гвардии», лечивший после ранения Алексея Турбина, скорее всего — доктор Иван Воскресенский, будущий отчим писателя. Жил он в доме №38 по тому же Андреевскому спуску. Воскресенский был одним из учеников профессора Яновского. В статье Всеволода Яновского «Биографические сведения об академике Ф.Г. Яновском», опубликованной в 1929 году, упоминается такой случай: весной 1906 года Феофил Гаврилович перенёс тяжелое заболевание почек и некоторое время жил в селе неподалеку от Киева. Чтобы ему было легче ходить, Воскресенский подарил ему палочку японской работы. Скоромный знак внимания оказался достойным того, чтобы вспомнить о нём через 23 года…
Кстати, Николка вполне мог бежать и за Яновским. Он долгое время жил в доме №17 за «замком Ричарда» (известное здание в неоготическом стиле). Правда, Яновский съехал оттуда ещё до переселения Булгаковых, и в 1903 году купил один из флигелей «усадьбы Сикорских» на Большой Подвальной (сейчас — дом 13б по улице Ярославов Вал). В любом случае, писатель не мог не знать «святого доктора», который был одним из его университетских преподавателей.
В 1927 году профессор Яновский был избран действительным членом Академии наук УССР, став первым украинским медиком-академиком. На I Съезде терапевтов УССР в Харькове он был избран пожизненным председателем всех будущих съездов терапевтов республики.
Яновский умер 8 июля 1928 года. Возвращался от пациента, попал под дождь, началась пневмония…
Провожать его вышел весь Киев: за катафалком шли православный священник, ксёндз и раввин; киевские воры срезали с клумб все цветы и устлали ими путь похоронной процессии (милиция не возражала — она тоже знала, кого хоронят); когда голова траурной колонны заходила на Лукьяновское кладбище, хвост выходил из Софийского собора (расстояние до кладбища — около 6 км.); трамваи в Верхнем городе не ходили — не протолкнуться…
Около института фтизиатрии и пульмонологии Яновскому установлен памятник. В киевском «Музее одной улицы», на которой Яновский жил с 1900 до 1903 года (дом не сохранился), выставлены личные вещи врача, стетоскоп, документы и фотографии. В 1993 году НАН учредила премию Яновского, которая присуждается Отделением биохимии, физиологии и молекулярной биологии за научные работы в области терапии, клинической бактериологии и иммунологии.