Василий Липковский родился в 1864 г. в семье священника, окормлявшего один из сельских приходов на юге Киевской губернии (совр. Черкасская область). Он обучался в Уманском духовном училище, затем в Киевской семинарии и, наконец, в Киевской духовной академии, по окончании которой получил степень кандидата богословия. В 1901 г. был рукоположен во священники и служил в сфере церковного образования.
В 1903 году Липковский в чине протоиерея был назначен директором открытой в Киеве церковно-учительской школы, которая должна была готовить педагогические кадры для начальных церковных школ. Однако этот пост занимал он не долго.
В 1905 г. грянула первая русская революция сопровождавшаяся небывалым всплеском общественной активности во всех сферах жизни Российской империи. Не стала исключением и церковь.
Именно в эти годы зародилось т.н. обновленческое движение, предлагавшее радикальные преобразования церковного устройства в духе протестантской Реформации. Как и все прочие общественные течения того времени церковные реформаторы не представляли собою монолитного движения. В среде украинской интеллигенции и священства идеи «обновления» церковной жизни были окрашены в национальные тона.
В 1905 г. Липковский был избран председателем Киевского епархиального съезда, который провозгласил необходимость перевода богослужения на украинский язык и ряд других церковных реформ. Такая позиция была не совместима с должностью директора епархиального учебного заведения, и он лишился этого поста, получив назначение настоятеля одного из приходов в предместье Киева.
Февральская революция в России вновь вызвала к жизни украинский сепаратизм, в т.ч. и церковный. На протяжении 1917 г. шли процессы подготовки Украинского церковного собора, который должен был решить судьбу автокефалии и связанных с ней нововведений в церковной жизни.
Активную роль в педалировании темы автокефалии играли украинские политики, сперва Центральной Рады, а затем Гетманата Скоропадского и Директории. Церковная иерархия, напротив, осуждала автокефалистов. Так, собранный в январе 1918 г., незадолго до взятия Киева большевиками, Всеукраинский православный собор, завершился победой сторонников церковного единства.
Однако сторонники автокефалии свою деятельность не прекратили. Первую литургию на украинском языке в 1919 г. отслужил сам Липковский, он же был автором перевода богослужебного текста. Вскоре он стал настоятелем Софийского собора.
Главной преградой на пути сторонников создания отдельной Украинской церкви было отсутствие в их рядах епископов, которые могли бы согласно канонам воспроизводить церковную иерархию. В 1917 — 1918 г. в деятельности автокефалистов активно поучаствовал бывший Владимирский епископ Алексий (Дородницын), который будучи уволен с кафедры после обвинений в авторитаризме и близости к Распутину, поселился в Киево-Печерской лавре. Однако его деятельность была осуждена Всеукраинским собором в январе 1918 г., после чего он навсегда покинул Киев.
Главным органом автокефалистов была созданная еще в конце 1917 г. Всеукраинская Православная церковная рада. Вот как характеризовал этот орган участник тех событий один из самых выдающихся русских церковных иерархов ХХ в митрополит Вениамин (Федченков) «Среди них выдающееся место по своему фанатизму, возрасту и даже огромной с проседью бороде занимал прот. Василий Липковский… Эту раду можно было назвать «агиткой», но никак не церковным органом…»
Собрать новый собор, целью которого стало провозглашение автокефалии, Церконая Рада смогла только в октябре 1921 г. Ни один из епископов участия в нем не принял, священники так же составляли меньшинство делегатов — из 472 их было всего 64.
Желая сохранить каноничность своих действий, съезд обратился с просьбой к архиепископу Михаилу (Ермакову) экзарху Украины рукоположить нескольких украинских епископов. Отказавшись от участия в съезде архиепископ Михаил прибыл на него чтобы разъяснить свою позицию — епископов в церкви достаточно, «автокефалия — от начала до конца националистическая задумка», делегатам следует разъехаться по домам.
В ответ на просьбу рукоположить Василия Липковского архиепископ Михаил ответил: «я гадюк в епископы не посвящаю!».
В ответ на это участники съезда — священники и миряне — сами совершили над Липковским обряд рукоположения, нарушив тем самым один из ключевых принципов церковной организации — апостольскую преемственность. После этого новоиспеченный епископ рукоположил нескольких украинских священников. За все эти самовольные процедуры украинские автокефалы получили определение «самосвятов». Василий Липковский был провозглашен митрополитом Киевским и всей Украины.
В послании патриарха Московского и всея Руси Пимена Константинопольскому патриарху Афинагору, направленном 12 марта 1972 г. содержится описание любопытной подробности украинского обряда:
«Сама «хиротония» была исполнена отлученными пресвитерами и мирянами с возложением на Липковского мощей (руки) священномученика Макария, митрополита Киевского. Сей кощунственный акт был повторен при последующей «хиротонии» во «епископа» также отлученного протоиерея Нестора Шараевского. Характер этих «хиротоний» дал основание к распространению в верующем народе наименования новых раскольников «самосвятами».
Все эти действия проходили в Киеве при советской власти, которая первоначально к украинскому расколу относилась вполне нейтрально, приветствуя любые действия ведущие к ослаблению Русской православной церкви во главе с патриархом Тихоном.
Однако украинские националистические элементы настолько явно проявляли себя в новосозданной УАПЦ, что вскоре советские спецслужбы провели против нее ряд спецопераций. В УССР было создано еще несколько церковных расколов (например от автокефалов отделилась т.н. Действенно-христианская церковь).
В конечном итоге по инициативе ГПУ в 1927 г. был проведен собор, отстранивший Липковского от руководства церковью. Спустя еще три года УАПЦ объявила о самоликвидации.
Свои последние годы жизни Василий Липковский провел в бедственных условиях, несколько раз арестовывался, занимаясь при этом теоретическими трудами по обоснованию украинской автокефалии — написанием трудов по истории украинской церкви, переводами и собственными богословскими изысканиями.
22 октября 1937 г. Василий Липковский был арестован по обвинению в руководстве «антисоветской фашистской организации украинских церковников», целью которой, якобы, являлось присоединение Украины к Германии и Польше.
Само постановление об аресте было оформлено задним числом, только 27 октября. Документ подписал оперуполномоченный IV Отдела Управления госбезопасности НКВД УССР Гольдфарб. Санкцию на арест выписал временно исполняющий обязанности начальника отдела по спецделам Прокуратуры УССР Аудринг.
Основанием для ареста послужили показание других деятелей УАПЦ, арестованных ранее. Липковский отрицал всякое участие в каких бы то ни было антисоветских организациях, подтверждая лишь, что состоял в переписке с представителями украинских церковных кругов в эмиграции.
Текст обвинительного заключения гласил: «1. Являлся одним из руководителей националистической фашистской организации украинских церковников; 2. Проводил активную антисоветскую работу; 3. Был связан с заграничными эмигрантскими кругами и посылал им антисоветскую информацию. Признал только, что он был организатором сбора подписей на восстановление украинских церквей и поддерживал связь с украинскими епископами, находящимися в эмиграции»
20 ноября 1937 Василий Липковский был приговорен тройкой НКВД к высшей мере наказания. Приговор был приведен в исполнение через неделю в Лукьяновской тюрьме города Киева.
В 1989 г. он был реабилитирован за отсутствием состава преступления. В 1997 собором УАПЦ канонизирован как священномученик. В 2012 г. в г. Киеве в честь него была переименована улица Урицкого.
Судьба Василия Липковского напоминает о знаменитом высказывании одного из величайших отцов Церкви, святителя Иоанна Златоуста. В 11 беседе Толкования на послание к Ефесянам, подробно разбирая вопросы церковных расколов, со слов некоего неназванного «святого мужа», он говорит о том, что «такого греха не может загладить даже кровь мученическая».