Похороны Г. Котовского в августе 1925 г. отличались большой пышностью. В Москве было принято решение о бальзамировании тела военачальника, в Одессе приспустили государственные флаги, провели массовую церемонию прощания, специальный траурный поезд доставил покойного в городок Бирзула (позднее переименованный в Котовск), где и прошли похороны. Сам Наркомвоенмор СССР Михаил Фрунзе в своей телеграмме 2-му кавалерийскому корпусу охарактеризовал Г. Котовского как лучшего боевого командира Красной Армии.
Из Москвы на прощание с Котовским прибыл член Союзного Реввоенсовета Семён Будённый, Украинский военный округ представлял его командующий — Иона Якир. Самым же высокопоставленным представителем политического руководства Украинской ССР на похоронах был Афанасий Буценко — секретарь Всеукраинского Центрального Исполнительного комитета. Чиновник явно не первого эшелона представлял Украинскую республику на похоронах уже при жизни канонизированного героя Гражданской войны, трижды кавалера ордена Красного Знамени, командира образцового военного соединения «имени Совета Народных комиссаров УССР».
Следующий инцидент случился в 1941 г., когда тело Котовского «не успели» эвакуировать из города, захваченного немцами и румынами. В официальных биографиях советского времени говорилось, что это произошло из-за стремительного наступления врага. Однако Котовск был занят фашистами через полтора месяца после начала войны (6 августа), после ожесточённых боёв. К началу войны мавзолей Котовского был сакральным местом города: у него проходили парады, демонстрации, посвящения в пионеры, воинские присяги. Сомнительно, что даже в пылу боёв руководители Советской Украины забыли о такой революционной реликвии как забальзамированное тело героя Гражданской войны.
Останки Г. Котовского сохранились благодаря рабочим железнодорожного депо во главе с Иваном Скорубским. После освобождения Одесской области пантеон Г. Котовскому был воссоздан, однако, в весьма неприхотливом виде. В сохранившемся склепе был установлен запаянный цинковый гроб с останками, задрапированный простой тканью, украшенный портретом героя кисти самодеятельного художника.
Возможно, в таком виде мемориал просуществовал бы до постсоветских времён, если бы ни инициатива руководства МССР перезахоронить останки на территории этой союзной республики (Г. Котовский был уроженцем Бессарабии, в Приднестровье прошла важная часть его жизни). Разразился серьёзный конфликт, средства на реконструкцию были всё-таки найдены. 26 декабря 1965 г. торжественно открыли мавзолей Григория Котовского, сооружённый по проекту одесского архитектора Проценко. Долгое время он, кстати, не знал капитального ремонта: подземная часть монумента подтапливалась, внешние конструкции ветшали.
Причина столь прохладного отношения властей Советской Украины к Г. Котовскому и связанным с ним артефактам можно объяснить ролью бессарабца в отчуждении части территории УССР. В 1924 г. на территории Украины, несмотря на противодействие республиканских властей, была создана Молдавская Автономная ССР. Причём, идея создания молдавской автономии была маргинальной, имела мало шансов на успех, пока её не «поднял на щит» легендарный герой Гражданской войны.
Г. Котовский возглавил инициативную группу по созданию автономии, задействовал свои связи в Москве для её продвижения (идею поддержал влиятельный Михаил Фрунзе), использовал свой авторитет и административный вес на местах для популяризации МАССР. К началу кампании по созданию автономии Г. Котовский был членом ключевого органа власти УССР — Всеукраинского Центрального Исполкома Советов, кандидатом от Украины в члены Всесоюзного ЦИК. Не трудно предположить, как отнеслось к действиям своего коллеги высшие украинское чиновничество, но ничего поделать не могло, т.к. тема Молдавской автономии получила одобрение Политбюро ЦК РКП(б).
Располагалась автономная республика в основном на землях бывшей Одесской губернии площадью свыше 8 тыс. км, вдоль реки Днестр. Население МАССР изначально насчитывало около 400 тыс. человек, большинство составляли славяне (около 60%), доля молдаван едва достигала 30%. Однако, западной границей автономии был определён не Днестр (фактическая граница СССР с Румынией до 1940 года), а реки Прут и Дунай (поскольку СССР считал Бессарабию советской территорией, насильственно отторгнутой Румынией в 1918 году). Первым административным центром автономии стал город Балта, затем функции столицы МАССР выполняли Бирзула (Котовск) и Тирасполь. Автономия обладала своими органами государственной власти, бюджетом, законодательством. Партийная организация республики получила статус Молдавского областного комитета в составе КП(б)У.
Представитель белоэмигрантской историографии Роман Гуль высказывал мнение, что на территориях, подконтрольных 2-му кавалерийскому корпусу Г. Котовскому удалось создать неофициальную «республику Котовия», где безраздельно властвовал «красный» комкор. Военно-потребительское общество стало, по словам историка, основным экономическим агентом в регионе: контролировало сахарные заводы, мельницы, собственные совхозы, кожевенное, швейное, обувное и другие производства. Факт успешного развития военно-потребительской кооперации при частях под командованием Котовского отмечался и советскими историками.
Однако в последнее время это стало использоваться для объяснения мотивов участия военачальника в создании нового государственного образования. Якобы, проект воссоздания Молдавской государственности позволил бы трансформировать достигнутые военно-административные и хозяйственные позиции «красного» командира в политическую власть.
Сам же Г. Котовский неоднократно заявлял, что считает главной борьбу за Советскую Бессарабию, причём, как мирными, так и военными средствами. «Молдавская Автономная Советская Социалистическая Республика — это то, чего страстно желает весь трудовой народ Молдавии не только по эту, но и по ту сторону Днестра…» — говорил Котовский в интервью одесской газете «Известия» в конце 1924 г.
В любом случае, создание МАССР весьма позитивно сказалось на социально-экономическом развитии Левобережья Днестра. По предложению Г. Котовского лучшие политработники и хозяйственники корпуса были направлены на работу в структуры автономии, молодой республике были переданы все фонды корпусного военно-потребительского общества. Благодаря союзным инвестициям в короткие сроки здесь стала формироваться промышленная база, была проведена модернизация социальной инфраструктуры. Автономия от Киева позволила Приднестровью — единственному региону на западе исторической Новороссии избежать украинизации. В официальном делопроизводстве, образовании, культурной жизни, межнациональном общении здесь продолжал использоваться преимущественно русский язык.
Молдавская АССР лишь по названию была национальной республикой, на деле это было государственное образование, созданное на многонациональной основе, ориентированное на развитие в орбите России. Вполне естественно, что в современной политичной Приднестровской Республике МАССР рассматривают как предтечу своей государственности. Вольно или нет, но Г. Котовский способствовал созданию на северо-западе Причерноморья государственного уклада, альтернативного этнократическими республикам — Украине, Молдове, Румынии. Вполне логичным было бы и упокоение останков Григория Котовского в Тирасполе или другом населённом пункте ПМР, где и по сегодняшний день чтят его память.