Игорь Сергеевич Шишкин родился 9 февраля 1959 года в Зарайске.
В 1980 году окончил Московский государственный институт культуры (МГИК), затем проходил срочную службу в Вооружённых силах СССР.
В 1985 году в МГИК окончил аспирантуру. Кандидат педагогических наук. После защиты диссертации начал заниматься преподавательской деятельностью.
В 1999—2008 годах занимал должность заведующего кафедрой отраслевых информационно-поисковых систем Московского государственного университета культуры и искусств (МГУКИ).
В 2008—2013 годах профессор кафедры политологии Российского государственного торгово-экономического университета (РГТЭУ).
С 1993 года ведёт аналитические передачи, посвященные проблемам постсоветского пространства и процессам, происходящим в относящихся к нему странах, на «Радио-1», «Говорит Москва», «Резонанс», «Мир», «День ТВ», «Народное радио» и др.
В 2002—2008 годах был главным редактором «Народного радио».
В 2008—2019 годах занимал должность заместителя директора Института стран СНГ по информационной работе.
В 2021 год руководил в институте рабочей группой по противодействию искажению истории.
Автор множества публикаций по международным отношениям в период Второй мировой войны и современной политической ситуации на постсоветском пространстве.
Автор книги «Безупречный пакт. Кто разрушил Британскую империю?».
Часто выступает экспертом в политическом ток-шоу «Своя правда» (ведущий Роман Бабаян) на телеканале НТВ.