Алексей Валериевич Фененко родился в 1978 г. в Воронеже, РСФСР.
В 2000 г. окончил исторический факультет Воронежского государственного университета. Кандидат исторических наук, доктор политических наук.
В 2004—2011 гг. — координатор проектов Научно-образовательного Форума по международным отношениям и ответственный секретарь журнала "Международные процессы".
В 2004—2013 гг. — старший, ведущий научный сотрудник Института проблем международной безопасности РАН.
С 2005 г. — старший преподаватель, с 2008 г. — доцент Факультета мировой политики Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова.
2022 год - профессор кафедры международной безопасности Факультета мировой политики МГУ им Ломоносова
Научные работы сфокусированы на внешней политике России и США, ядерном нераспространении. Фененко — автор концепции «ядерной стабильности».
Автор более 130 публикаций, из которых 3 монографии по проблемам ядерного сдерживая и нераспространения, 10 глав а коллективных монографиях, автор трехтомной история международных отношений.