О причинах его смерти официально не сообщается. Однако он был болен коронавирусом и долгое время не выходил на связь. Сначала глава государства лечился в Конго, а затем в Индии.
В то же время Магуфули заявлял об отсутствии COVID-19 в стране и подчеркивал, что Танзания не будет закупать вакцины. При этом он призывал народ молиться и поститься для лечения болезней.
По данным Всемирной организации здравоохранения, Танзания не сообщала данные по заболеваемости и смертности от коронавируса с мая 2020 года. Всего в стране было выявлено 509 заражений и 21 смерть.