В феврале 2019 года Следственный департамент МВД России обвинил Плахотнюка в организации преступного сообщества, а также в контрабанде и незаконном сбыте наркотиков в особо крупном размере. По данным ведомства, в 2013-2014 годах группировка Плахотнюка вывела за пределы России более 37 миллиардов рублей. Тверской суд Москвы заочно выдал санкцию на арест Плахотнюка по делу о создании преступного сообщества и наркоторговле. В ноябре 2017 года Басманный суд Москвы заочно арестовал и объявил Плахотнюка в международный розыск по делу о покушении на убийство.
Как сообщают молдавские СМИ, Плахотнюк, будучи у власти в Молдавии, несколько раз встречался с президентом Турции и оказывал ему определенные услуги. В частности, в марте 2018 года по запросу Турции Плахотнюк арестовал директора лицея Orizont и нескольких учителей, имеющих турецкое гражданство и экстрадировал их в Турцию.