В 1975 году окончил Тернопольский финансово-экономический институт. После этого, в сентябре-октябре 1975 года, работал заместителем главного бухгалтера колхоза «40-летие Октября» в селе Яворов Ивано-Франковской области.
В 1975-1976 годах служил в рядах Советской армии.
В 1977 году вступил в КПСС и оставался в партии вплоть до ее роспуска.
С 1976 по 1985 год работал исполняющим обязанности экономиста, затем руководителем районного отделения Госбанка СССР в поселке Ульяновка Сумской области.
В 1984 году окончил аспирантуру Украинского НИИ экономики и организации сельского хозяйства. Стал кандидатом экономических наук в 1998 году.
С июля 1985 года работал в отделе кредитования и финансирования сельского хозяйства Госбанка СССР, переехал в Киев.
В 1985-1987 годах Ющенко работал заместителем начальника Управления Украинской республиканской конторы Госбанка.
С 1987 по 1989 год был начальником планово-экономического управления, в 1989-1990 годах — заместителем председателя правления, начальником планово-экономического управления Украинского республиканского банка Агропромбанка СССР (Киев).
В 1990-1992 годах был заместителем председателя правления, в 1992-1993 годах — первым заместителем председателя правления Акционерного коммерческого агропромышленного банка «Украина» (бывший Агропромбанк СССР).
С января 1993 года по предложению экономиста и финансиста, политического деятеля, второго главы Нацбанка Вадима Гетьмана был выдвинут на пост главы Национального банка Украины (НБУ) и стал третьим за период независимости главой НБУ. Являлся одним из основных исполнителей денежной реформы на Украине при введении в оборот национальной валюты (гривны). При нем была создана Государственная казна и построен Банкнотно-монетный двор.
Однако, по утверждению доктора экономических наук, профессора Киевского национального университета имени Т. Шевченко Анатолия Гальчинского, фактическим руководителем Нацбанка был не Ющенко. «Если нужно было решать какие-то вопросы, решали не с главой, а с его первым заместителем Стельмахом [Владимир]».
В 1996 году получил статус лучшего банкира года от Европейского банка реконструкции и развития. Через год занял шестое место в рейтинге лучших банкиров мира по версии журнала Global Finance.
В 1999 году ушел с поста главы НБУ и возглавил правительство Украины. Принимал участие в предвыборной кампании Леонида Кучмы во время выборов в этом же году. Проводил новаторскую политику в области экономики. Отказался от практики использования краткосрочных кредитов, взятых у коммерческих банков для бюджетных выплат зарплат и пенсий, — то есть бюджет был сбалансирован, что позволило сэкономить значительные средства на выплате процентов по краткосрочным кредитам. Кроме того, при нем упорядочили платежи в топливно-энергетическом комплексе и вывели из тени уплату налогов крупным бизнесом.
Когда Ющенко занимал пост премьер-министра, было остановлено падение ВВП, продолжавшееся с 1991 года. В 2000 году Украина получила прирост ВВП на 6,6%. Существенно увеличились поступления в бюджет. Впервые с 1992 года была ликвидирована задолженность государства по выплате пенсий и стипендий.
Ликвидация ряда коррупционных схем (особенно действий вице-премьера Юлии Тимошенко в топливно-энергетическом комплексе) создали почву для конфликта Ющенко с окружением президента Кучмы, особенно с руководителем Администрации президента Виктором Медведчуком.
Весной 2001 года его отправили в отставку в связи с парламентским вотумом недоверия кабинету министров. В постановлении парламента было написано, что осуществление правительственной программы «Реформы ради благосостояния» не только не привело к реальной стабилизации в национальной экономике, а, напротив, еще серьезнее обострило социально-экономические проблемы в обществе.
В 2001-2002 годах являлся директором Украинско-российского института менеджмента и бизнеса имени Б. Ельцина.
В январе 2002 года возглавил избирательный блок «Наша Украина», в состав которого вошли 10 партий правоцентристской ориентации. На парламентских выборах в марте 2002 года в общегосударственном многомандатном округе блок получил 23,52% голосов избирателей. Ющенко стал председателем самой большой парламентской фракции.
При подозрении на отравление в ходе предвыборной кампании в 2004 году проходил лечение в австрийской клинике. В июле 2019 года главный военный прокурор Украины Анатолий Матиос заявил, что следствие так и не смогло найти никаких доказательств умышленного отравления Ющенко.
Начиная с 4 августа 2006 года и до самого окончания срока президентства фактическая власть Ющенко была ограничена: свои полномочия ему приходилось делить с нелояльным лично ему руководством Кабинета министров (премьеры — Янукович и Тимошенко). Влияние президента на назначения в Кабинете министров и на политику этого органа было ослаблено из-за вступившей в силу политреформы, а также из-за личного противостояния с руководителями Кабмина.
14 октября 2006 года, в 64-ю годовщину создания ОУН-УПА* (запрещенная в России организация) Ющенко потребовал от правительства разработать законопроект о придании особого статуса ветеранам организации, а от Министерства образования и науки — популяризировать историю УПА как украинского национально-освободительного движения.
Во внешней политике отдавал предпочтение сближению с США и Евросоюзом. По мнению премьер-министра Дмитрия Медведева, за годы президентства Ющенко произошёл отход от принципов дружбы и партнёрства Украины и России, был взят курс на разрыв существовавших до этого связей во всех сферах, включая духовную и историческую, и на проведение руководством Украины антироссийской политики, которая заключается в том числе и в искусственных провокациях, создаваемых подконтрольными Ющенко службами.
В 2010 году принял участие в выборах президента Украины, набрал в первом туре 5,45% голосов — это минимальный процент голосов, набранный действующим президентом в мировой истории.
По данным Государственного управления делами, в 2017 году Ющенко был единственным экс-президентом Украины, который получал денежное содержание от государства (на общую сумму в 336 тыс. гривен, по 28 тыс. гривен в месяц).
В мае 2018 года был избран главой наблюдательного совета «Альпари Банка».
В октябре 2018 года газета «КоммерсантЪ» со ссылкой на свои источники сообщила, что Виктор Ющенко считается фаворитом в борьбе за пост представителя Киева в трехсторонней контактной группе по урегулированию конфликта на Донбассе. Однако на должность был назначен экс-премьер страны Евгений Марчук.
На президентских выборах 2019 года поддержал действующего на тот момент президента Украины Петра Порошенко.
В мае 2019 года Генеральная прокуратура Украины уведомила Виктора Ющенко о подозрении в рамках расследования дела о выводе резиденции «Межигорье» из государственной собственности в 2007 году.