В 1995 году окончил Историко-архивный институт (с 1991 года — Российский государственный гуманитарный университет) по специальности «историк-архивист». Специализировался на кафедрах отечественной истории разных периодов.

Алексей Мухин: США маниакально повторяют судьбу Советского Союза
Алексей Мухин: США маниакально повторяют судьбу Советского Союза
© РИА Новости, Владимир Трефилов
В 1989-1991 годах проходил срочную службу в рядах ВС СССР.

В 1992-1996 гг. работал в информационно-исследовательском центре «Панорама» в должности научного сотрудника.

В январе 1996 года в составе группы специалистов организовал Службу политической информации и консультаций — Центр (СПИК-Центр), независимую исследовательскую организацию — информационное агентство и стал ее исполнительным директором (позже — директор).

С января 1997 года по настоящее время — генеральный директор Центра политической информации.

Мухин: «Цветная революция» вернулась к истокам, в США
Мухин: «Цветная революция» вернулась к истокам, в США
© РИА Новости, Нина Зотина
С сентября 2004 года по сентябрь 2005 года вел спецкурс «Информационные войны» в Российском государственном социальном университете (РГСУ).

Автор более ста научных работ, в том числе монографий в области политических наук и истории Отечества.

Член Экспертного совета при председателе Государственной Думы РФ. С 2012 года — участник круглых столов «Открытая трибуна» в ГД РФ.

Алексей Мухин: Ничего не надо придумывать, надо запускать Союзное государство
Алексей Мухин: Ничего не надо придумывать, надо запускать Союзное государство
© РИА Новости, Владимир Трефилов
Колумнист «Эха Москвы», Аргументов недели, «Известий», «Аргументов и фактов», URA.RU и др. изданий.

Участник ежегодного Международного экономического форума в Крынице (Польша) до 2015 года.

Член Экспертного совета при правительстве Республики Татарстан.

Президент Федерации развития айкидо «Рен Ва Кай», 4 дан Айкидо Айкикай. С 2015 года — член президиума Федерации айкидо Айкикай России.

Член Ассоциации историков спецслужб. Участник проекта Минобороны РФ «Социальная среда» (с 2016 года).

Эксперт Валдайского клуба. Член Академии Валдайского клуба с 2016 года.