Глава СБУ Валентин Наливайченко заявил 5 июля, что Сергей Глазьев стал фигурантом уголовного дела по статье Уголовного кодекса Украины «Публичные призывы к развязыванию военного конфликта». 

Глазьев отреагировал встречным обвинением: «Если уж кого обвинять в терроризме, так это СБУ, она и есть главная террористическая организация, которая руководит осуществлением массовых убийств жителей Донбасса».

Советник российского президента убежден, что именно по указанию Наливайченко бомбят жилые кварталы, убивают женщин и детей. «СБУ — это карательная нацистская организация. Я уверен, будет трибунал, который осудит Наливайченко как преступника против народа Украины», — уверен Глазьев. 

Наливайченко хочет использовать Глазьева как свидетеля. Глава СБУ требует, чтобы советник президента дал показания против председателя парламента Союза народных республик Новороссия Олега Царева, а также и.о. главы республики Крым Сергея Аксенова. Украинские следователи также считают, что Глазьев планировал военные операции, всячески помогал «террористам» и организовывал информационные кампании. 

Глазьев никогда не скрывал своего крайне негативного отношения к новой украинской власти. В интервью BBC он заявил, что Петр Порошенко нелегитимный президент, а также назвал его «нацистским Франкенштейном».  

Пресс-секретарь Президента России Дмитрий Песков уточнил, что заявление Глазьева не отражает официальной позиции Кремля.  

Кроме Глазьева, СБУ завела уголовные дела на гендиректора МИА «Россия сегодня» Дмитрия Киселева и руководителя погранслужбы России Владимира Кулишова. Как и советник президента, они обвиняются в поддержке террористов. Дмитрий Киселев в ответ заявил, что это обвинение "продолжение фантазий, в которых живут нацики у власти в Киеве".

В российском  МИД считают действия СБУ провокационными.