В первые годы XIX в. в Бессарабии проживали до 10 тыс. казаков, в основном потомков тех запорожцев, которые после упразднения Екатериной II Новой Сечи перешли под руку османского султана. Центром коша первоначально было селение Вилково, а за тем Татарбунары. В начале войны османские власти переселили большую часть казаков за Дунай, где на территории современной Румынии возникла Задунайская Сечь.

В 1807 г. по инициативе командующего русской армией в Молдавии Ивана Михельсона на Нижнем Дунае началось формирование нового казачьего войска. Усть-Дунайское казачество было призвано оказывать содействие в начавшейся войне регулярным русским войскам, а также побудить к реэмиграции казаков, сохранявших верность султану.

Основу формируемого войска составили бессарабские (буджакские) казаки, но довольно быстро оно стало пополняться переселенцами из-за Дуная. Центрами сосредоточения усть-дунайцев были определены Килия и Галац.

Начало юридическому оформлению войска положил рескрипт Александра I, изданный в феврале 1807 г. Его основным лоббистом был Михельсон, испытывавший острую нехватку людских ресурсов в условиях начавшихся военных действий.

В официальном наименовании войска «Усть-Дунайское Буджакское» соединились названия двух его полков. К августу 1807 г. они насчитывали 1387 человек, проживавших в 39 куренях. По традиции, заложенной ещё Григорием Потёмкиным, Михельсон сам записался в число казаков.

Войско пополнялось также крестьянами — переселенцами из Молдавского княжества и Буковины. Однако, к огорчению российских властей, гораздо больше было желающих переселиться из Подольской и Херсонской губерний.

Согласно войсковым спискам, 31% казаков прибыли из-за Днестра, 27,5% — происходили из задунайских запорожцев, 21,5% — бывшие черноморские казаки, оставшиеся в регионе после передислокации черноморцев на Кубань, 9% — уроженцы османских областей, 7% — переселенцы из Австрии, 4% — из Польши.

Российские крестьяне массово селились на пустующих землях юга Бессарабии, надеясь в формируемом казачьем войске укрыться от крепостнических порядков, рекрутских наборов, распространения помещичьего землевладения в Причерноморье. В крестьянской среде южных губерний империи тогда распространялись слухи о Подунавье как о «райской земле», где царят свобода и благополучие.

Среди переселенцев было значительное число беглых крепостных, что вызывало недовольство помещиков и обеспокоенность правительства. В результате в июле 1807 г. родился Высочайший рескрипт, гласивший:

«По разнесшимся в Новороссийском крае слухам об учреждении на Дунае Запорожской Сечи возникли между крестьянами разные беспокойства… Целые селения оставляют места их жительства и вооруженной рукой, противясь действию земской полиции, пробираются за границу… Находя, что учреждение сие произведет в пограничных губерниях между крестьянами вредные последствия, поручаю… заведение на Дунае Сечи остановить и все, что доселе было по сему предмету сделано, отменить…»

Это привело к распаду так до конца и не сформировавшегося казачьего объединения. До окончания войны под командованием майора Подлесецкого воевала набранная из казаков-добровольцев гребная флотилия. Она действовала в «узких водах» Дуная, участвовала в осаде крепостей и обеспечивала коммуникации и переправы на реке.

При новом командующем армией Петре Багратионе действовал отряд казаков под начальством хорунжего Боровика. Он выполнял функции армейских разведчиков.

К концу войны до половины состава бывших усть-дунайцев и буджакцев перебазировались на Кубань к казакам-черноморцам. Часть осела в Буджаке и других регионах Пруто-Днестровья, некоторые вернулись в Задунайскую Сечь.

Перипетии Русско-турецкой войны 1806-1812 годов свидетельствуют об оправданности курса на казачью колонизацию Причерноморья, проводимого на исходе XVIII в. Потёмкиным-Таврическим. Отказ от этого курса, переход к помещичьей колонизации региона привёл к тому, что за 15 лет до начала новой Русско-турецкой войны с Днестра на Кубань были переселены 25 тыс. черноморских казаков.

Подрыв российского демографического ресурса в Причерноморье негативно повлиял на действия русской армии в той войне. В начале и конце военного конфликта Россия смогла выставить против турок на Балканах лишь до 45 тыс. человек. Учитывая обстоятельства 1812 г. и замыслы Наполеона по использованию в своих интересах османов, это едва не привело к трагическим для Российской империи последствиям.

Оставшиеся после 1812 г. в Бессарабии казаки основали две группы селений — станиц. На речке Дракуля 45 казачьих семей обжили одноименное бывшее ногайское селение (сегодня это преимущественно украинское село Трудовое). Впоследствии часть переселенцев из него основали неподалёку село Новое Спасское, имеющее ныне молдавско-русский состав (76% молдаван и 20% русских).

На реке Сарата малороссы и молдаване обжили бывшее ногайское селение Акмангит (ныне это село Белолесье), часть его жителей впоследствии основали в нескольких километрах от Аккермана село Староказачье.

Жители вновь образованных селений были причислены к казённым крестьянам, но себя продолжали считать казаками. Многие усть-дунайцы пополнили тогда же в бессарабские города, колонии балканских переселенцев (болгар, гагаузов) и немцев.

Новая попытка создания казачьего войска в Буджаке и Подунавье была предпринята в начале русско-турецкой войны 1828 — 1829 годов. К этому времени Бессарабия уже вошла в состав Российской империи, являлась ближайшим тылом русской армии.

В июне 1828 г. император Николай I повелел Новороссийскому и Бессарабскому генерал-губернатору Михаилу Воронцову приступить к формированию двух казачьих полков (конного и пешего), под названием «Дунайских». Конный полк должен был действовать на коммуникациях регулярных войск, а пеший — нести службу на судах Дунайской гребной флотилии.

Казачьи станицы, основанные выходцами из Усть-Дунайского войска стали основой для формирования конного полка. 400 объезженных лошадей для него пригнали с Кубани. После окончания войны на казаков возлагалась функция охраны стабилизировавшейся по Дунаю и Пруту русско-турецкой границы, в 40-х годах к этому прибавилась обязанность нести караульную службу в Одессе, Херсоне и Аккермане.

Казаки были освобождены от выплаты податей и несения повинностей, получали деньги на боевое снаряжение, а во время военной службы — жалование. Службу в двух пятисотенных полках станичники несли по 3 года, сменяя друг друга.

По традиции, поощрялось пополнение войска за счёт задунайских казаков, переселенцев из Дунайских княжеств и Балканских владений султана. Административный центр Дунайского казачества разместился в селении Волонтировка (теперь оно находится на юге Республики Молдова), основанного молдаванами и балканцами, ставшими добровольцами русской армии во время войны 1806-1812 годов.

Однако и на этот раз основным кадровым резервом Дунайского войска стали внутренние губернии Российской империи.

В 30-х годах к дунайским казакам было разрешено присоединяться всем добровольцам, если они прежде имели хоть малейшую принадлежность к казачьей или регулярной военной службе. Это привело к притоку бывших военнослужащих: отставных солдат, их сыновей и «пасынков», обедневших дворян, бессарабских мелких землевладельцев («мазыл»). Кроме того, властями к войску приписывались казённые крестьяне.

Развивалась инфраструктура Дунайского войска: в станицах открывались школы, резервные склады продовольствия («хлебные магазины»).

Этнический состав войска отличался пестротой, характерной и для современной Бессарабии: основную часть дунайцев составляли малороссы, русские, молдаване, но были и сербы, албанцы, цыгане, болгары, греки, гагаузы. Офицерский состав формировался в основном из кубанцев и донцев, которые зачастую оседали в Бессарабии после службы. В середине 30-х годов в восьми станицах Дунайского войска жили свыше 7 тыс. человек обоего пола. К середине века его численность почти удвоилась.

Становление второго Дунайского войска споткнулось о проблему отсутствия должного земельного фонда. Ведь к 30-м годам XIX в. основная масса земель бывшей османской Бессарабии была распределена между колонистами и помещиками. К 1838 г. из искомых 110 тыс. десятин земли власти смогли выделить станицам лишь 37,3 тыс. Кроме того, территория войска не была компактной.

Несмотря на своё наименование, войско не обладало землями непосредственно по берегу Дуная. Все станицы и хутора находились в сухой Буджакской степи. Проекты правительства по смещению казаков ближе к устью Дуная до начала Крымской войны так и не реализовались.

По мере роста численности войска проблема малоземелья становилась всё более острой. В итоге в 1844 г. приём в состав дунайских казачества извне был прекращён.

Из-за дефицита земельных угодий в Дунайском войске не было крестьян-подданных, как в других казачьих объединениях России. Зато в войске были свои цыгане.

В бытность Дунайского войска в Буджакских степях была проведена кампания по переводу части бессарабских цыган к оседлому образу жизни и привлечению к военной службе.

Цыгане были среди казаков Запорожской Сечи, Бугского войска, однако их число там было не велико. В Дунайском же войске они стали основой для формирования целого полка (третьего, созданного во время Крымской войны).

В 1836 г. из-под Оргеева в Аккерманский уезд были переселены свыше 300 семей цыган «лингураров» («ложкарей»), промышлявших преимущественно деревообделочным ремеслом. На юге они обосновались в двух вновь основанных селениях — Фарионовке и Каире (здесь и сегодня живёт много цыган). Процесс их окрестьянивания шёл не просто, вызывал протесты, случались даже побеги за Дунай.

В 1839 г. было принято решение о включении буджакских цыган в казачество. Чтобы ускорить процесс привыкания цыган к крестьянско-казачьим порядкам в их сёла подселили малороссов и молдаван. Процесс обустройства цыган на новом месте, обучения их военному делу, оснащению их экипировкой лёг на войско. Для того, чтобы облегчить овладение цыганами «верховым» искусством им предоставляли лошадей, выезженных другими казаками.

Тем не менее, к началу 50-х годов цыгане стали привыкать к своему новому статусу: семьи обзаводились сельскохозяйственным инвентарём, домашними животными, цыганские дети уже посещали станичные школы. С этого времени цыган стали привлекать к несению военной службы, по сути это было уже второе поколение переселенцев.

Крымскую войну часть дунайских казаков встретила на Кавказе. С 1847 г. по две сотни от каждого полка несли службу в Грозном, размещались аванпостами по Тереку. В общей сложности на Кавказе до конца войны находились более 500 дунайцев.

Оставшиеся сотни (в т.ч. четыре цыганских) охраняли бессарабскую границу, занимали оборонительную линию в Одессе, отряжались для действий за Дунаем против османов, часть входила в гарнизоны Измаильской и Аккерманский крепостей. Из 64-х казаков — дунайцев был сформирован конно-ракетный отряд, действовавший за Дунаем.

В сентябре 1855 г. первым двум Дунайским полкам, за отличную службу на Кавказе и Дунае были пожалованы знамена.

Утрата Россией по итогам Крымской войны Подунавья имела для бессарабских казаков катастрофические последствия.

Это окончательно похоронило проекты получения войском земель на Дунае, ещё больше обострило проблему малоземелья, т.к. ряд станиц и хуторов находились на землях, уступленных Молдавскому княжеству (вассальному Порте). Решить проблему территориального приращения войска в послевоенный период было затруднительно, т.к. в российскую часть Бессарабии и Причерноморье хлынул поток переселенцев (около 30 тыс. человек), на желавших оставаться в Подунавье.

Начался процесс оттока станичников из Дунайского войска, сокращался служилый состав. К 60-м годам с едва удавалось формировать смены для несения службы лишь в одном полку.

В 1856 г. войско переименовали в Новороссийское, но в таком статусе просуществовало не долго, т.к. в 1868 г. было распущено. Офицеров причислили к дворянству Бессарабской области с предоставлением им земельных владений. Простые казаки получили паи на земли бывших станиц и хуторов.

Полковые знамёна были сданы для хранения «на вечные времена» в церковь станицы Волонтеровки, а оружие — на Бендерский артиллерийский склад. Часть казаков уже по традиции ушла на Кубань, но основная масса осталась в Бессарабии. Многие из тех, кто ушёл из родных станиц, пополнили население бессарабских городов.

Несмотря на недолгую историю бессарабских казаков, они внесли существенный вклад в освоение «Дикого Юга» — пустынного Буджакского края. Большинство населённых пунктов, основанных дунайцами, существует и по сей день. Казаки принесли сюда земледельческую культуру, начав распашку засушливых целинных земель. По сегодняшний день на юге Бессарабии сохраняется этническое многообразие, которое начало формироваться в рамках Дунайского казачьего войска.