Шаргей родился в семье Людмилы Шлиппенбах, происходившей из баронского рода (Священной Римской империи). Прадедом изобретателя по материнской линии был участник Отечественной войны 1812 года Антон Шлиппенбах. Два его деда отличись на Крымской войне. Отцом Александра был выходец из Бердичева Игнатий Шаргей.
Родители познакомились в Киеве, где мать преподавала французский в Киево-Подольской женской гимназии, а отец учился на естественном отделении Киевского университета. В ряде источников сообщается, что Игнатий Шаргей перешел в католичество, чтобы жениться на Шлиппенбах, однако это вызывает некоторые вопросы.
Во-первых, судя по происхождению, Шлиппенбах была лютеранкой, а они могли беспрепятственно жениться и выходить замуж за евреев, и менять религию не было смысла. К тому же необычным кажется и выбор католичества, обычно евреи в Российской империи переходили в лютеранство.
Поэтому более вероятна альтернативная версия. Католичество принял не Игнатий, а его родители. Отец Игнатия был выходцем из Ковенской губернии, где Римская церковь доминировала. Там он перешел в эту веру и взял имя Бенедикт, а его супруга Фрайдл после крещения получила имя Фридриха (овдовев, она вторично вышла замуж, перешла в православие и приняла имя Екатерина).
Оба родителя Шаргея принимали участие в революционном движении, так что воспитывался юный Александр у бабушки Фридрихи-Екатерины.
Мать Шаргея сошла с ума, а отец вторично женился на дочери известного врача Елене Гиберман. Шаргей-старший перебрался в Петербург и забрал с собой сына, но вскоре неожиданно умер, и Александр вернулся к бабке.
Окончив Полтавскую гимназию с серебряной медалью, Шаргей поступил в Петроградский политехнический университет. Однако проучился лишь несколько месяцев. В 1916 году он был направлен в школу прапорщиков, а затем попал на Кавказский фронт.
Впрочем, к тому моменту, как он туда прибыл, боевые действия прекратились, а армия развалилась. После демобилизации он уехал на Украину. По пути проезжал через Дон, где уже создавалась Добровольческая армия, и Шаргея как офицера мобилизовали в ее ряды.
Однако участвовать в гражданской войне он не имел никакого желания и при первой возможности сбежал и все же добрался до Киева, где у него жили друзья. Вскоре туда пришли красные, и Шаргей попытался бежать уже от них, но как подозрительное лицо был задержан. Документов у него не было, и его могла ждать трагическая судьба. Шаргея выручила мачеха, которая достала ему документы недавно умершего студента Юрия Кондратюка. Под этим именем он и прожил остаток жизни.
С этого момента начался период скитаний.
В стране то и дело проходили расправы с классовыми врагами, всевозможные чистки, и Кондратюк, боявшийся проблем из-за своего офицерского прошлого, колесил по стране, зарабатывая на жизнь то железнодорожным рабочим, то рабочим элеватора.
В разгар гражданской войны Кондратюк начал работу над книгой, которая получила название «Тем, кто будет читать, чтобы строить». В книге он высказал ряд идей, которые десятилетия спустя оказались подтверждены практикой и востребованы космической индустрией: гравитационный маневр, взлетно-посадочные модули для высадки на других планетах, рандеву на лунной орбите и т.д. Также разработал свой проект космической ракеты.
Вторым большим трудом Кондратюка стала книга «Завоевание межпланетных пространств», написанная уже в конце 20-х и более подробно рассматривающая ряд космических тем. Рукопись ушла на рецензию в НТО ВСНХ, где ее прочитал профессор Академии ВВС им. Жуковского Владимир Ветчинкин, который заинтересовался самобытным провинциалом и написал для книги предисловие. Правда, издавать ее Кондратюку пришлось за свой счет, поэтому тираж был небольшим.
Кондратюк с детства имел тягу к изобретательству, уже в советское время ему удалось зарегистрировать ряд авторских патентов. Именно Кондратюк создал в Сибири зернохранилище «Мастодонт» — огромное сооружение, способное хранить свыше 13 тысяч тонн зерна и вдобавок построенное без единого гвоздя.
В начале 30-х в СССР начались кампании против вредителей, преимущественно против людей с определенным прошлым — дореволюционных специалистов, бывших офицеров и т.д. Кондратюк был арестован и обвинен во вредительстве на «Хлебопродукте». Получил три года лишения свободы, но вместо тюрьмы попал в одну из первых шарашек.
Во время пребывания там он принял участие в конкурсе проектов Крымской ветроэлектростанции. Проект Кондратюка очень понравился Наркомтяжпрому, по требованию которого он был освобожден раньше срока и привлечен к работе (его проект выиграл конкурс). Однако в конце 30-х было решено отказаться от крупных ветроэлектростанций, и строительство Крымской ВЭС было прекращено на стадии фундамента.
В 30-е будущий отец советской космической программы Сергей Королев предлагал Кондратюку присоединиться к его Группе изучения реактивного движения. Однако тот отказался, поскольку все сотрудники работали под бдительной опекой НКВД и к тому же их биографии проверяли очень тщательно, а изобретатель всю жизнь провел в страхе из-за своего офицерского прошлого.
Кондратюк до самой войны работал в проектно-экспериментальной конторе ветроэлектроэнергетических станций (ПЭКВЭС), где занимал должность начальника отдела.
С началом войны вместе с коллегами из ПЭКВЭС записался в народное ополчение. Он служил в роте связи 21-й дивизии народного ополчения Киевского района (позднее была переименована). Эта дивизия была одной из самых необычных. Поскольку в Киевском районе располагалось много НИИ, вузов, среди ополченцев было немало научных сотрудников и преподавателей. Там же служили и мосфильмовцы, не эвакуировавшиеся с фабрикой.
Кондратюк погиб в феврале 1942 года в Орловской области. Обстоятельства его гибели неизвестны, как и точная дата смерти. Во многих источниках упоминается 25 февраля, но в архивах минобороны указано 22 число. Он похоронен в братской могиле возле села Кривцово.
По-настоящему известным имя Кондратюка стало только в 60-е годы, уже после начала космической эпохи. Он был провозглашен пионером космической техники, его труды стали издаваться большими тиражами. Оперативно был решен вопрос о его «вредительстве», он был посмертно реабилитирован. Во многих советских городах в его честь переименовали улицы, имя Кондратюка было присвоено одному из лунных кратеров. Его именем также названа малая планета, обнаруженная в 1977 году.
Идеи, выдвинутые Кондратюком, получили применение в космонавтике спустя несколько десятилетий.
Наибольшую известность приобрела предложенная им концепция высадки на Луну (корабль остается на орбите, а модуль спускается на поверхность, а затем возвращается на орбиту, где повторно стыкуется с кораблем), известная как «Рандеву на лунной орбите». Именно эта технология использовалась NASA в программе «Аполлон».
